В подобных случаях винительный падеж существительного указывает на определенный предмет, а родительный – на предмет неопределенный. Ср.: жду поезд Саратов – Москва (определенный, прибывающий в такое-то время по расписанию) – жду поезда (одного из поездов); чаще существительные конкретные при глаголе ждать и других подобных употребляются в форме винительного падежа.

Как Вы видите, рекомендации не строгие, возможны оба варианта управления.

При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных два, три, четыре (а также от составных числительных, оканчивающихся на два, три, четыре), определение, находящееся между числительным и существительным, принимает форму родительного падежа множественного числа: тридцать три творческих объединения. При существительных женского рода в указанных условиях определение чаще ставится в форме именительного падежа множественного числа: тридцать три творческие мастерские.

При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, в современном языке ставится, как правило, в форме родительного падежа множественного числа. Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа.

Таким образом, верно: ...реализуются четыре приоритетных проекта, охватывающие все уровни образования.

В слове ручьи есть звук [й], он предпоследний. 

После разделительного мягкого знака буква и в ударной позиции обозначает два звука [jи] (в безударной – и неслоговой и и с призвуком э), хотя обычно в школе об этом не сообщается, т. к. после гласных перед и звук [j] чаще всего не произносится и букву и не называют йотированной.

Выбор предлога в отношении названий островных государств зачастую обусловлен языковой традицией. Такой выбор может быть связан с тем, что предлог на употребляется с названиями островных государств, а предлог в — с названиями стран, состоящих не из одного острова, а из нескольких частей: на Мальту, но в Новую Зелендию. В случае с Кюрасао чаще используется предлог на.

Правило не категорично, оно гласит, что при существительных женского рода, зависящих от числительного два, определение чаще ставится в форме именительного падежа (или совпадающего с ним винительного при неодушевленных существительных) множественного числа. Сочетания с родительным падежом редко, но встречаются, ошибкой использование такой формы не будет. Но предпочтителен все-таки вариант В коробке было 6 красных ручек и 2 синие.

Объединение в однородном ряду логически несовместимых понятий чаще всего называют си́ллепсисом (си́ллепсом). Такое синтаксическое построение может быть как ошибкой, так и намеренным стилистическим приемом, преследующим те или иные (часто комические) цели. См., например: Культура русской речи: энциклопедический словарь-справочник / Под ред. Л. Ю. Иванова, А. П. Сковородникова, Е. Н. Ширяева и др. М., 2003. С. 614–615.

В данном случае для постановки запятой нет оснований. Чаще всего запятые ставятся по своим правилам, а тире ─ по своим. В редких случаях наличие тире «отменяет» постановку запятой. Однако каждый из знаков препинания в предложении должен быть оправдан правилами пунктуации.

О современной пунктуации читайте в справочниках, один из них: полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.