Корректно: Он обладал особой, неузнаваемой даже с близкого расстояния внешностью. 

Слова костёл и котёл имеют разную акцентную парадигму: ударение во всех падежных формах первого существительного падает на 2 слог, и этот гласный не подвергается редукции; ударение во всех падежных формах второго существительного падает на окончание, и второй гласный редуцируется. Отчасти такое положение дел можно объяснить тем, что слово костёл представляет собой достаточно позднее заимствование. 

В вашем примере формы существительных при количественных числительных употреблены верно.  

Такие термины следует писать через дефис: вероятно-патогенный вариант, вероятно-доброкачественный вариант.

Корректно: Для того чтобы вы не заблудились в джунглях цифрового эфирного вещания и легко могли выбрать интересную для вас передачу на одном из каналов, сервис сделал удобную телепрограмму. 

Если придаточная часть сложноподчиненного предложения соединена с главной при помощи сложного (составного) подчинительного союза (благодаря тому что, ввиду того что, вследствие того что, в силу того что, вместо того чтобы, для того чтобы, с тем чтобы, в то время как, оттого что, потому что, несмотря на то что, после того как, перед тем как, прежде чем, с тех пор как, так же как и др.), то запятая ставится один раз:

1) перед союзом, если придаточная часть следует за главной или находится внутри нее: Яблони пропали, оттого что мыши объели всю кору кругом (Л.Т.); …Дыхание становилось всё глубже и свободнее, по мере того как отдыхало и охлаждалось его тело (Купр.); …Потоптались на месте и решили, перед тем как зайдёт солнце, опять собраться (Сер.); Все возы, потому что на них лежали тюки с шерстью, казались очень высокими и пухлыми (Ч.);

2) но чаще — после всей придаточной части, если она предшествует главной: Но прежде чем этот кусок успевал упасть на землю, рабочий с необыкновенной ловкостью обматывал его цепью в руку толщиной (Купр.); После того как началась война и завод перешёл на оборонные заказы, остановка цехов на сутки, естественно, оказалась невозможной (Поп.).

Увы, такие написания нельзя объяснить ничем, кроме незнания норм правописания. Очевидно, пишущие не понимают, что с грамматической точки зрения цифра в данном случае является приложением.

Вы правильно расставили запятые в этих предложениях.

Запятые во всех предложениях расставлены правильно.

Поскольку мы не видим текста целиком, то можем сказать только следующее. В предложении У самой вершины старой ели, в густых ветвях, свили гнездо тетеревятники-ястребы говорится о птицах (они названы здесь словами тетеревятники-ястребы). В предложении Много лесных тайн, сказочных чудес видят они с высокой тёмной высоты также говорится о птицах: местоимение они служит средством связи между этим предложением и предыдущим и заменяет собою наименование тетеревятники-ястребы.  

1. Наречие заново не является обобщающим словом для сочинительного сочетания обстоятельств через наш сайт или приложение, а значит, двоеточие здесь не нужно. Возможны варианты либо без знака препинания, либо с тире, отделяющим пояснительную конструкция: Если вы не передумали с покупкой, предлагаем оформить заказ заново через наш сайт или приложение; Если вы не передумали с покупкой, предлагаем оформить заказ заново — через наш сайт или приложение.

2. Знаки препинания расставлены корректно.

3. Рекомендуем разбить предложение на два самостоятельных: Надеемся, что вам всё понравилось, но хотим знать точно. Пожалуйста, оцените, насколько вы готовы порекомендовать нас. Как вариант, можно внести редакторскую правку, например: Надеемся, что вам всё понравилось, но хотим знать точно: насколько вы готовы порекомендовать нас? Пожалуйста, оцените!