Чтобы расставить знаки препинания в первых трех предложениях, эти предложения нужно видеть целиком. Общая рекомендация такая: оборот с производным предлогом (согласно, на основании, в соответствии и под.) обособляется, если требуется обозначить его границы, чтобы предложение не выглядело двусмысленным. Например, запятая нужна в таком предложении: Во избежание неверного понимания фразы директором были внесены изменения в документ. Без запятой непонятно, к какому слову относится слово директор. Запятая избавляет фразу от двусмысленности: Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ или Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ. Если границы оборота понятны без знака, двусмысленность не возникает, то обособлять оборот не нужно.

В последнем случае запятая обязательна, но она ставится не для отделения оборота с предлогом в силу. В предложении необходимо обособить придаточную часть, начинающуюся со слов содержание которой следует рассматривать.

Оба слова - и содержание, и оглавление - могут употребляться со значением 'перечень глав или других составных частей книги, рукописи, обычно с указанием страниц, приводимый в начале или в конце текста': Найти нужный раздел, главу по оглавлению. Страницы есть в оглавлении. О содержании журнала, сборника можно судить уже по оглавлению.

НО: слово содержание в русском языке весьма многозначно (словари фиксируют более 6 значений у этого слова), поэтому в канцелярской речи, в документации использование однозначного слова оглавление оказывается предпочтительным.

Прямая речь, при которой указание на источник сообщения не содержит глагола, не описана в справочниках (сравним вариант с глаголом: Завод заявил об увеличении поставок, сообщает Reuters). В таких случаях можно ориентироваться на практику СМИ, где используется тире без запятой: Завод заявил об увеличении поставок — Reuters.

Ответить на подобный вопрос можно только следующим образом: так сложилось. Это как пытаться ответить на вопрос: почему Земля  – третья планета от Солнца, а не вторая и не четвертая? Так сложилось.

В таких случаях используют кавычки разного рисунка: АО «Московский завод "Рубин"». Если это технически невозможно, то в конце кавычки не дублируются: АО «Московский завод «Рубин».

Название, заключаемое в кавычки и не сочетающееся синтаксически с родовым словом, не склоняется. Правильно: генеральному директору ОАО «Верхнебаканский завод». Вот если бы родового слова не было, название склонялось бы: генеральному директору Верхнебаканского завода.