Оба варианта имеют право на жизнь, но при чтении второго из них создается впечатление, что вопрос задается не о роде некоего слова, а о роде формы прилагательного общего.
Многоточие при передаче разговорной речи (а вопрос представляет собой разговорную конструкцию) отражает паузу. Оно будет излишним, если вопрос произносится без паузы, как это обычно бывает.
Такое сочетание существует (как историческое наименование), хотя в современном русском языке выглядит устаревшим.
Корректно: ...будут приоритетными, будут иметь приоритет.
Выражение некорректно. Вместо этого можно сказать: нести расходы.
Предложение корректно.
София и Софья – это варианты одного имени (как Наталия и Наталья). Имена Соня, Фуфа могут быть "домашними" вариантами разных имен, в том числе имени Софья.
Указанная запятая нужна.
Правда – что слово кофе можно употреблять в разговорной речи как существительное среднего рода, неправда – что теперь: указание на допустимость такого употребления находим еще в словарях 1970-80-х гг. (см., например, Скворцов Л. И. Правильно ли мы говорим по-русски? М.: Знание, 1980). При этом средний род слова кофе (и раньше, и сейчас) – допустимое разговорное употребление; согласно строгой литературной норме слово кофе (и раньше, и сейчас) – существительное мужского рода.
