Если в скобки заключено предложение целиком, то точка ставится перед закрывающей скобкой.

Некоторые односложные имена существительные мужского и женского рода, когда они в сочетании с предлогами в и на приобретают обстоятельственное значение, произносятся с ударением на последнем слоге:

бор — о бо́ре, но: в бору́;
печь — о пе́чи, но: в печи́, на печи́;
ряд — о ря́де, но: в ряду́;
снег — о сне́ге, но: в снегу́, на снегу́;
степь — о сте́пи, но: в степи́;
тень — о те́ни, но: в тени́;
цепь — о це́пи, но: в цепи́, на цепи́.

Если сочетание в любой тени отвечает на вопрос где?, т. е. является обстоятельством, то ударение ставится на окончании, если же оно отвечает на вопрос в чём?, т. е. является дополнением, то ударение ставится на основе.

В примере, о котором идет речь, действительно однородные составные именные сказуемые. Собственно однородными являются именные части. В составных сказуемых однородными могут быть как вспомогательные компоненты (Пушкин всегда был и остается моим любимым поэтом), так и смысловые компоненты (Сергей был красавец и любимец публики). Поэтому однородность именных компонентов сказуемого не влечет однородности связок. Более того, если бы даже было, допустим, *Книга была огромная и была интересная (подумайте: так говорят по-русски?), никакой однородности связок не наблюдалось бы: это был бы просто повтор, а не однородные члены предложения.

Согласны с Вами, слово почти во втором предложении неуместно, следовало бы использовать слово около.

1. Лучше: аромат яблок. 2. Такого правила нет, следует поставить запятую. Слова опоздав почти на час могут выделяться скобками или тире с обеих сторон как вставная конструкция: Против обыкновения он пришел в мятом пиджаке и брюках (опоздав почти на час) и не подготовил доклад к заседанию.

Запятая перед соответственно не требуется.

Сочетание при всём (моём) уважении (к N) играет роль обстоятельства уступки (= «хотя я уважаю N»). Обстоятельства, выраженные формами существительных с предлогами, могут обособляться «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Как правило, в начале предложения обособление таких обстоятельств неуместно, а в позиции между подлежащим и сказуемым — как в Вашем примере — оно нужно. Что касается последнего примера, то в нем, находясь в конечной позиции, это обстоятельство образует присоединительную конструкцию.

Сочетание на примере не является обобщающим, однако в деловых и научных текстах двоеточие перед перечислением возможно и при отсутствии обобщающего слова. Между однородными членами может ставиться точка с запятой, если они распространены (имеют зависимые слова или относящиеся к ним придаточные части предложений). После сочетания в плане по обучению запятая не нужна. Таким образом, возможно: В плане по обучению должен быть раскрыт вопрос, касающийся пробелов в праве (на примере: модернизации объектов капитального строительства; технического перевооружения объектов капитального строительства, которые не относятся к опасным производственным объектам).

Не пишется слитно в составе глагольной приставки недо-, означающей неполноту, недостаточность по сравнению с нормой. Без не- такой глагол не будет иметь смысла, например: они хронически недоедают (= 'едят недостаточно; плохо питаются'; невозможно раздельное написание, т. к. нельзя хронически доедать), няня недосмотрела за ребенком (= 'плохо присматривала, не уберегла от какой-либо неприятности'; не имеет смысла сочетание досмотреть за ребенком), ср. также: А он шутил – недошутил, Недораспробовал вино И даже недопригубил (В. Высоцкий. «Прерванный полет»).

Но от глаголов с приставкой недо- следует отличать глаголы с приставкой до- и предшествующей частицей не (такие глаголы с частицей не обозначают не доведенное до конца действие), например: мы не досмотрели до конца фильм (=не смогли досмотреть); наш сын часто не доедает свою порцию (= не хочет, не может доесть). Ср. пример из той же песни В. Высоцкого «Прерванный полет»: Но к ней в серебряном ландо Он не добрался и не до... Не добежал, бегун-беглец, Не долетел, не доскакал... (= не смог добраться, не смог добежать...).

В приведенном Вами примере верно слитное написание недописал в значении 'написал меньше нужного' и раздельное написание в значении 'не смог (не захотел, не успел...) дописать'.

В заключение немного юмора. На разнице в значении глаголов недоедать 'есть недостаточно, плохо питаться' и не доедать  'не съедать до конца' основан юмористический эффект в известном анекдоте советской эпохи. Рабочие пишут письмо в ЦК КПСС: «Мы, пролетарии Нечерноземья, прочитали в «Правде», что негры в Африке недоедают. Нельзя ли все, что они не доедают, присылать нам?»