Поскольку существительные генерал-адъютант и адмирал обозначают чины, звания, они характеризуют лицо с одной стороны, а следовательно, однородны (см. параграф 42 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): президент Императорской Академии наук генерал-адъютант, адмирал Ф. П. Литке.

Тире здесь поставлено между частями бессоюзного сложного предложения. Его первая часть представляет собой сложноподчиненное предложение с придаточным условия (с союзом если). Отношения между частями бессоюзного сложного предложения причинные: вторая часть отвечает на вопрос Почему нужно связаться с лечащим врачом? Такие отношения выражаются двоеточием, на что указано, например, в пункте 2 параграфа 129 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина; по этому правилу корректно оформление: Прекратите прием препарата и свяжитесь с лечащим врачом, если заметите любую из перечисленных нежелательных реакций: Вам может потребоваться неотложная медпомощь. Впрочем, в примечании 2 к этому параграфу говорится, что в таких случаях допустимо и употребление тире. При этом в приведенном предложении нужно поставить перед тире запятую, чтобы закрыть придаточное условия: Прекратите прием препарата и свяжитесь с лечащим врачом, если заметите любую из перечисленных нежелательных реакций, — Вам может потребоваться неотложная медпомощь.

Корректно: Самая первая гипотеза (о чем, кажется, в то время было слышно из каждого утюга), которую он вспомнил, — это «все проблемы из детства». Они много говорили и вместе размышляли на тему, почему рождаются дети с особенностями в развитии и какие меры нужно предпринять, чтобы этого не допустить.

Наречное выражение в первую очередь не требует выделения запятыми.

Возможны оба варианта. Тире не требуется.

У слова второй отмечено значение «такой, статус которого на одну ступень ниже по сравнению с основным, первым», среди иллюстративных примеров приводится предложение В институте Иван Иванович – второе после директора лицо (см. значение 1.2 у слова второй³ в «Большом универсальном словаре русского языка»). Судя по этим данным, выражение второй после N будет понято как синонимичное сочетанию первый после N. Обособление сочетания после N в этом случае не влияет на смысл высказывания.

Пояснительный оборот, вводимый союзом или, нужно выделить с двух сторон: Золотистый каранкс, или голубой каранкс (лат. Caranx crysos), — вид морских лучеперых рыб.

Корректен вариант: ...будут проводиться плановые ремонтные работы на участке км 97 – км 112 магистрального газопровода.

Такое выражение, увы, некорректно. Абстрактные существительные на -ение и вообще с большим трудом образуют формы множественного числа. Предлагаем варианты: ТОП-5 видов программного обеспечения; ТОП-5 программ.

Тире в данном предложении ставится.