Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.

Никаких «новых правил 2009 года» не существует. Литературная норма русского языка была и остается: на Украину, с Украины – так следовало говорить и писать до 2009 года, так следует говорить и писать сейчас.

Словари русского языка фиксируют у слова что значение 'по какой причине, почему, зачем' (что ты не едешь?  что задумался?), но с пометой «разг.» (разговорное).

Поскольку в п. 1 речь идет о схеме расположения, то корректно: указанной. Однако предложение следует переформулировать, покольку при таком порядке слов (Образовать земельный участок из земель, государственная собственность на которые не разграничена, площадью 1822 кв.м, в соответствии со схемой расположения земельного участка на кадастровом плане территории, указанной в пункте 1 настоящего постановления) оказывается, что определительный оборот относится к слову территория. Кроме того, формулировка п. 1 грамматически бессмысленна. 

Представляется уместным и в такого рода разговорных обозначениях театров писать первое слово с прописной буквы. В написании типа Магнитогорская драма прописная буква будет сигналом того, что речь идет об имени собственном, что имеется в виду театр. Ср.: магнитогорская драма — о каком-либо тяжелом событии, произошедшем в Магнитогорске.

Если эти слова употребляются как часть официального названия государства, правильно с прописных, например: против Исламской Республики Иран. Если же они выступают в обобщенном значении 'форма государственного устройства', следует писать строчными, например: он выступал против исламской республики, за исламскую монархию.

Слово Всероссийский пишется с прописной буквы как первое слово названий организаций, обществ, мероприятий и т. п.: Всероссийский выставочный центр, Всероссийская государственная телевизионная и радиовещательная компания, Всероссийская конференция «Шаг в будущее». Во множественном числе верно написание со строчной: участвовали во всероссийских конференциях.

Дума пишется с прописной, если это слово используется вместо сочетания Государственная дума. Написание этого слова, в случае если оно заменяет собой название областной думы или городской думы, не кодифицировано. Представляется уместным в этом случае в неофициальном тексте писать дума строчными.