Да, оба слова пишутся с прописной буквы: Крещение Руси. Такое написание соответствует правилу: в названиях исторических эпох и событий с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные.

В официальных названиях учреждений с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные, например: Агентство по физической культуре и спорту Ярославской области, Комитет по делам молодежи Московской области.

Если ударение в имени падает на последний слог, правильно: Алие. Личные имена восточного и иного происхождения, оканчивающиеся на ударное Я, имеют в дательном падеже окончание Е: Зульфия – к Зульфие, Алия - к Алие.

Такие написания не следует расценивать как нарушение орфографической нормы. Правило о недопустимости написания букв Я, Ю, Ы после шипящих не распространяется на иноязычные собственные имена, а также на сложносокращенные слова и буквенные аббревиатуры.

В названиях министерств с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому, если бы такое министерство в нашей стране существовало, оно бы называлось Министерство питания Российской Федерации.

В основах косвенных падежей и форм множественного числа существительных на -мя пишется суффикс -ен- с буквой е на месте безударного гласного, например: время — времени и времена, имя — имени и имена, семя — семени и семена.

При цитировании исторических документах нужно писать "буква в букву", т. е. с прописных. Вне цитаты - нужно следовать правилам употребления прописных букв (с прописной пишется первое слово в составе ряда наименований и имена собственные).

Если в контексте слова Иван Иванович и Ирина Сергеевна не имеют значения уточнения, то запятые не нужны: Его отец Иван Иванович... С женой Ириной Сергеевной... Если такое значение есть, то имена собственные выделяются запятыми.

Общее правило таково: с прописной буквы пишется первое слово официального названия предприятия, учреждения и входящие в состав названия имена собственные. При неофициальном употреблении возможно написание со строчной (например: как нам сообщили в министерстве культуры...).