В указанном месте нет оснований для постановки сразу двух знаков. Очевидно, автор, К. Г. Паустовский, использовал запятую и тире как единый знак, в целом довольно распространенный в художественных текстах XIX — первой половины ХХ века. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), в примечании 1 к параграфу 130, указано, что «знак этот в настоящее время утрачивает свою активность».

Сочетание можно осмыслять по-разному, то есть по-разному определять границы имени собственного, и в зависимости от осмысления выбирать графическую форму. Запятая возможна, если считать красный нос приложением, также возможно тире. Дефис объяснить труднее. Можем осторожно предположить, что с помощью дефиса хотели показать слитность, цельность сочетания, которое присоединяется к первой части имени как единый компонент. О собственных именах с приложением можно прочитать в научной статье «Прописные и строчные буквы в собственных именах, прозвищах, псевдонимах, кличках: Проект академических правил». 

В этом случае возможно двоякое толкование предложения. Здесь можно увидеть повторяющийся союз и, если автор хочет подчеркнуть  многосоставность действия: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять, и применять на практике. Однако можно счесть, что глаголы проверять и применять на практике образуют тесно связанную по смыслу пару, обозначая единый этап в какой-либо программе действий; в этом случае второе и является одиночным союзом, а первое и — частью сочетания еще и, имеющего присоединительно-усилительное значение: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять и применять на практике.

Запятая между согласованным и несогласованным определениями обоснованна. Вот правило из полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

§ 39. Запятая ставится при сочетании согласованных и несогласованных определений (несогласованное определение помещается после согласованного): Между тем в приземистой, с коричневыми стенами зимовке Клюшиных действительно горела слегка увернутая семилинейная лампа (Бел.); Она сняла со стола толстую, с бахромой скатерть и постелила другую, белую (П. Нил.).

Однако запятая не ставится, если сочетание согласованного и несогласованного определения обозначает единый признак: Белая в клеточку скатерть; на ней была синяя в горошек юбка.

Вряд ли приведенные Вами определения можно считать обозначениями единого признака. 

В слове трущоба суффикс не выделяется, хотя этимологический анализ показывает, что когда-то это слово было образовано с помощью суффикса -об- от не сохранившегося в современном языке слова труща ‘хворост, треск’ и обозначало ‘лес, заваленный хворостом, буреломом’. В современном языке прежние словообразовательные связи утрачены, трущоб- превратилось в единый корень.

Слово чащоба образовано от прилагательного с помощью суффикса –об-: част-ый → чащ-об-а (с чередованием в основах ст // щ); ср.: жадн-ый → жад-об-а (с усечением производящей основы). По этой непродуктивной словообразовательной модели от именований признаков (прилагательных) образуются существительные с общим значением ‘носитель признака’.

Заглавная и прописная буква – это одно и то же (большая буква). Маленькая буква называется строчная.

Слово храм 'архитектурное сооружение' пишется со строчной, например: храм Всех Святых, храм Христа Спасителя. Прописная буква – в таком контексте: орден рыцарей Храма.

Слово государственный пишется с прописной буквы, если является первым словом в названии органов власти, учреждений, организаций, научных, учебных, зрелищных заведений; наград, символов и т. п, например: Государственная Дума, Государственная Третьяковская галерея, Государственный фонд кинофильмов РФ, Государственный институт русского языка им. А. С. Пушкина, Государственный флаг РФ (в офиц. текстах), Государственная премия. В остальных случаях правильно написание со строчной, например: Единый государственный экзамен, Московский государственный лингвистический университет, государственное унитарное предприятие, органы государственной власти.

Датой введения «Правил русской орфографии и пунктуации» (М., 1956) можно считать май 1956 года. 26 мая в «Учительской газете» была опубликована статья С. Е. Крючкова под названием «Единый свод правил орфографии и пунктуации» (С. 3). В ней сообщалось, что новые правила утверждены Академией наук СССР, Министерством высшего образования СССР и Министерством просвещения РСФСР. Однако дата подписания соответствующего документа остается неизвестной. Подробнее об этом можно прочитать в диссертации Е. В. Арутюновой «Реформы русской орфографии и пунктуации в советское время и постсоветский период: лингвистические и социальные аспекты» (М., 2015. С. 126-130). 

Дополнение к ответу от 20 февраля 2023 года.

«Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года ведены в действие Приказом Министра просвещения РСФСР от 23 марта 1956 года № 94 (источник: Белов С. А., Кропачев Н. М. Что нужно, чтобы русский язык стал государственным? Закон. 2016. № 10. С. 100–112).