Ставится запятая после "знаешь".
Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.
В одном из значений слово «еще» синонимично слову «уже» (см. значение 3 в толковом словаре: http://www.gramota.ru/slovari/dic/?lop=x&bts=x&zar=x&ag=x&ab=x&sin=x&lv=x&az=x&pe=x&word=%E5%F9%E5). Поэтому оба варианта верны.
В начале предложения сложный союз обычно не расчленяется (запятая не ставится).
Пунктуация зависит от строя предложения.
Нет, слова тем самым вводными не являются и не обособляются. В очень редких случаях, когда тем самым выступает в функции союза, перед ним ставится запятая: Нагрубил женщине, тем самым поставил себя в неловкое положение.
