Указанная запятая не нужна.
Правилен первый вариант: ...тихо, но с раздражением сказал он. Союз но связывает здесь два однородных обстоятельства.
Здесь "И" употребляется в роли присоединительного союза, поэтому запятая уместна.
Верно: тон, которым...
Ошибок нет.
Запятая ставится, если слова и нарисовал план относятся к главному предложению (сказал и нарисовал). Запятая не нужна, если главное предложение – только он сказал (он сказал, что понял намек и что нарисовал план).
Обе формы родительного падежа имеют право на существование в подобных конструкциях.
Корректно: Сказал, что хочешь, — уходи.
Да, тире ставится между подлежащим то и именным сказуемым правда.
Такое сочетание не ошибочно, оно встречается в художественной литературе. Например: А хуже всего было то, что, когда он произнёс эту свою шутку богатого гуляки, я заметил, что она улыбнулась в уже пригубленный стакан, и улыбнулась довольно язвительно. Ф. Искандер, Письмо. Даже стакан, пригубленный Вальганом, хотелось выбросить. Г. Николаева, Битва в пути.
