Верно: поеду в город Москву. Но лучше в этом предложении слово город не употреблять: Поеду в Москву.
Правильно. Слова город и огород этимологически родственные (слово город, как и огород, первоначально означало 'огороженное место'), но в современном русском языке однокоренными не являются.
Название города нужно согласовывать: в г. Пушкине, план г. Пушкина.
В живой речи слово город здесь будет лишним. Сочетание город Санкт-Петербург характерно для канцелярского языка.
Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.
Верно: в городе Москве. См. в «Письмовнике».
Верно: в Арыси, жители города Арыси (см. словари).
В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой указано, что «сокращение г. (город), как и полное слово, рекомендуется употреблять ограниченно, главным образом перед названиями городов, образованными от фамилий (г. Киров)». Однако на практике эта рекомендация почти никогда не соблюдается: сокращение г. и полное слово город употребляют перед названиями всех городов (в т. ч. оканчивающимися на -град, -город), это характерная черта канцелярской речи.
Вильна - женского рода. Вильно и Вильнюс - мужского. Источник: Е. А. Левашов. Географические названия. Словарь-справочник. СПб., 2000.