Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Если имеется в виду "Я думал, что это ты (был, сделал и т. п.)", то верно: Я думал, ты.
Корректно с запятой: Думал, успею.
Корректно: К тому же думаю, что эта история не закончится. Я думаю, ваша помощь нам больше не понадобится. Оба предложения сложные, запятая должна разделить части. После союза к тому же нет оснований ставить запятую.
Правило таково: в названиях организаций, учреждений, органов власти с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому орфографически правильно было бы писать Федеральное собрание, Государственная дума, Московская областная дума. Однако в официальных текстах (а на практике – в современной письменной речи вообще), вопреки орфографическим нормам, принято написание Федеральное Собрание, Государственная Дума, Московская областная Дума.
Второй вариант верен.
Такая пунктуация корректна.
