Ваш вопрос не вполне понятен. В предложении По моему разумению, Жириновский был хорошим человеком, само собой разумеется! имеется речевая ошибка (тавтология). В предложении На мой взгляд, Жириновский, подчёркиваю, был хорошим человеком! неясно, к чему относится слово подчёркиваю. 

Такое употребление некорректно. Можно сказать лишь примерно так: согласно мнению Иванова (токаря, друга). 

Верно слитное написание: Многие компании в городе недостаточно хорошо знают о деятельности друг друга.  

Сочетание в том числе используется для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части, например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В приведенном Вами предложении получается, что себя включается в понятие друг, а это выглядит абсурдно.

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

Сказуемые не понимали и не пытались понять обозначают действия одного и того же субъекта. В придаточной части сложного предложения субъект не назван, но он известен и даже был назван ранее — мы. Поэтому следует квалифицировать придаточное предложение причины как содержащее однородные сказуемые.

Оба варианта пунктуационно корректны, но различаются тем, что в первом из них одно логическое ударение — на слове Максима, а во втором два — на сочетании своего друга и на слове Максима, которое в данном случае играет роль поясняющего приложения при существительном друга. 

Знаки препинания расставлены корректно. Если необходимо отделить друг от друга две части предложения, можно добавить в начале второй части слово это: Сотрудники, которые занимаются спортом, — это, как правило, люди организованные.

Запятая нужна, она отделяет друг от друга части сложного предложения: Пожалуйста, расскажи, где был.

Полагаем, что разделять инициалы пробелами в ссылках нужно (если нет технических препятствий к этому). Прямых указаний об оформлении инициалов в ГОСТе о библиографических ссылках нет, при этом в ГОСТе о структуре и правилах оформления диссертации и автореферата диссертации инициалы отбиваются пробелами. Так же, с пробелами, оформляются инициалы в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой. В тексте и сносках инициалы должны быть оформлены одинаково.