Правилен второй вариант.

Слитное написание предпочтительно, но допустимо и раздельное, если надо подчеркнуть отрицание.

Верно: договор процентного займа.

Возможны варианты в зависимости от смысла. Оборот как администратора доходов обособляется, если имеет добавочное значение причины (поскольку Департамент информационной политики является администратором доходов, у него заключен договор...). Если такого значения нет (т. е. как имеет значение «в качестве»), запятые не нужны.

Грамматически правилен второй вариант. Если речь идет о договоре между учреждением и И. И. Ивановым, то вторая запятая не нужна, или, если предложение продолжается, она должна стоять после И. И.: Договор, заключенный учреждением с ИП Ивановым И. И., был передан...

Строгая литературная норма: догово́р, догово́ры, в непринужденной устной речи допустим вариант до́говор, договора́. Приведем интересную цитату из «Словаря трудностей произношения и ударения в современном русском языке» Кирилла Сергеевича Горбачевича: «Сейчас еще трудно с уверенностью сказать, станет ли со временем ударение до́говор столь же нормативным и эстетически приемлемым, как догово́р. Предпосылки для этого есть. Не только часть интеллигенции, но и некоторые современные известные поэты употребляют вариант до́говор: Но ты не пугайся. Я договор наш не нарушу, Не будет ни слез, ни вопросов, ни даже упрека (Ольга Берггольц. Ничто не вернется...). В книге «Живой как жизнь» Корней Чуковский предсказывал, что варианты до́говор, договора́ станут в будущем нормой литературного языка.

Небольшое замечание: многие полагают, что вариант до́говор, договора́ — нововведение последних лет. Однако указание на допустимость такого ударения в разговорной речи можно найти в изданиях полувековой давности, например в словаре-справочнике Р. И. Аванесова, С. И. Ожегова «Русское литературное произношение и ударение» (М., 1959).

Знаки препинания расставлены верно. Склонять нужно: с поставщиком – обществом с ограниченной ответственностью «ДиСиЛоджик».

Заглавная и прописная буква – это одна и та же буква (большая). Маленькая буква – строчная.

Обычно в начале документов пишется: далее – «Заказчик», далее – «Подрядчик», далее – «Договор». После этого указанные слова в тексте пишутся уже без кавычек и с большой буквы.

Рекомендации словарей не различаются. «Большой толковый словарь русского языка» дает вариант договор – договора как разговорный (он указан за пометой разг.). Основной вариант на первом месте (форма мн. числа не указана, т. к. ударение в ней не меняется: договор – договоры).

Правильно: доктора, договоры и допустимо в разговорной речи договора.