Если речь идёт о живом существе, то Я вижу клона.
Если имеется в виду неодушевлённый предмет (например, сайт-клон или приложение-клон), тогда Я вижу клон.
В первом случае возможно и слитное, и раздельное написание не; в составе конструкций, усиливающих отрицание, не пишется раздельно: Я отнюдь не права.
Тире не нужно. Верно: Я пас.
Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Запятая нужна: второе тогда явно указывает на последовательность, а не на одновременность событий, а значит, часть, начинающаяся с подчинительного союза когда, относится только к части тогда вы обретёте образ и подобие Божье.
Слишком много знаков. Корректны такие варианты пунктуационного оформления: Это чучело, вернее, его образ художник привез из музея. Это чучело, вернее его образ, художник привез из музея. Это чучело, вернее – его образ, художник привез из музея. Подробнее об оформлении оборотов со словами вернее, точнее см. в «Справочнике по пунктуации» (пункт 2, примечание 3).
Верно: Я в замешательстве.
