Действительно, глаголы близки по значению, но тем не менее семантически и стилистически различаются, что уже «предсказано» их происхождением. Глагол чужда́ться употребляется в книжной речи (прежде всего в научной), это предопределяет его семантическое разнообразие и сравнительно широкую сочетаемость. У глагола чураться интересная этимология: он образован от слова-заклинания чур и сохраняет в значении признак «бояться, остерегаться». В речевом обороте (не) чураться работы отражено именно представление о том, боится или нет человек работы.

Сравнительный оборот как ты требует обособления: Ты думаешь, мне нравится вздрагивать, если кто-то вдруг поправит волосы, как ты, или просто в похожих шмотках пройдёт мимо?

В нормативных словарях современного русского литературного языка не зафиксированы ни глагол алкализовать, ни глагол алкализировать. При этом в словарях исторических можно найти как один, так и другой. Например, в словаре В. И. Даля (1863) зафиксировано, что алкализировать — химический термин, имеющий значение "пережигать, отгонять огнем от соли кислоту или воду, чтобы оставалась щелочь", а в "Новом словотолкователе" Н. М. Яновского (1803) отмечены глаголы алкализовать и алкализировать — "химики так называют действие, посредством коего чрез обжигание в сильном огне отделяется от тела кислая часть, в оном содержавшаяся, таким образом, что в теле том остается одна только алкалическая часть". 

Таким образом, можно заключить, что норма в использовании редких в употреблении глаголов алкализовать и алкализировать не устоялась окончательно, поэтому какао-порошок можно называть как алкализованным, так и алкализированным. 

Вы написали правильно. 

Поскольку можно рассматривать "точнее сказать при курении" как уточняющий оборот, то отсутствие запятой после "сказать" не будет ошибкой.

Знаки препинания расставлены верно.

При сокращении корректно написание или с пробелом (мед. деятельность), или как сложносокращенного слова — без точки (меддеятельность). Пробелы иногда не ставят, чтобы части сокращения не могли оказаться на разных строчках. Эта проблема решается использованием непечатного символа «неразрывный пробел». 

Общее правило таково. В сложносочиненном предложении перед союзами и, да (в значении и), или, либо запятая не ставится, если части предложения объединены каким-либо общим элементом. В некоторых случаях общим элементом может быть частица (ограничительная, усилительная, выделительная).

В данном случае общим элементом является частица только, поэтому запятая не стоит.

Названия компаний следует писать так, как они зарегистрированы.