В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

При оформлении библиографии и библиографических ссылок по ГОСТам нужно учитывать, что в библиографической записи пунктуация имеет две функции — обычных знаков препинания и так называемых знаков предписанной пунктуации. Последние служат для распознания отдельных областей библиографических описаний при традиционной и автоматической обработке данных.

В качестве знаков предписанной пунктуации используются обычные знаки препинания и математические знаки (двоеточие, косая черта, сочетание точки и тире, знак равенства и др.). До и после предписанного знака ставят пробелы, это позволяет отличать его от пунктуационного знака. Правда, из этого правила есть исключение: пробелы не ставят перед точкой и запятой. Приведем пример библиографической записи со знаками предписанной пунктуации:

Орфографический словарь русского языка : 110 000 слов / Акад. наук СССР, Ин-т языкознания ; [под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро]. – 2-е изд., стер. – Москва : ГИС, 1957. – 1260 с.

Почему в библиографической записи тире иногда заменяют на дефис? Полагаем, что причины могут быть разные: технические ограничения на использование тире, незнание того, что тире и дефис — разные знаки не только графически, но и функционально, и др.

Предписанный знак точку и тире, разделяющий области библиографического описания, допускается заменять точкой в библиографических ссылках, например:

Орфографический словарь русского языка / под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро. 2-е изд., стер. М. : ГИС, 1957. С. 3. 

Фамилию в заголовке библиографической записи рекомендуется отделять от имени (имен), имени и отчества, инициалов запятой. Библиографы иногда объясняют необходимость запятой тем, что она помогает в иностранных именах однозначно показать, где заканчивается фамилия и начинается имя, например: 

Ожегов, С. И. Толковый словарь русского языка. 4-е изд., доп. М., 1997.

Рубенс, Питер Пауль. Питер Пауль Рубенс в собрании Эрмитажа [Текст]. – Ленинград : Аврора, 1970. – 5 с.

При затруднении определения границ фамилии и имени допускается запятой их не разделять (Пон Чжун Хо).

Запятая после фамилии — недавнее новшество, она не является обязательной, как пунктуационный знак не нужна, поэтому довольно часто наши издатели и авторы такую запятую игнорируют.

Подробнее об оформлении библиографических записей читайте в ГОСТах, их перечень можно посмотреть в разделе «Официальные документы». Также заметим, что в Российской государственной библиотеке (возможно, и в других крупных библиотеках) периодически читают лекции, посвященные оформлению библиографии и библиографических ссылок. 

Полагаем, что разделять инициалы пробелами в ссылках нужно (если нет технических препятствий к этому). Прямых указаний об оформлении инициалов в ГОСТе о библиографических ссылках нет, при этом в ГОСТе о структуре и правилах оформления диссертации и автореферата диссертации инициалы отбиваются пробелами. Так же, с пробелами, оформляются инициалы в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой. В тексте и сносках инициалы должны быть оформлены одинаково. 

Прилагательное черноплоднорябиновый было зафиксировано в академическом «Русском орфографическом словаре» в 2012 году (4-е изд.). С тех пор рекомендация о его написании не менялась, в этом можно убедиться по словарной базе «Академоса», где изменения отмечаются. Через дефис слово было дано в экспериментальном словаре «Слитно или раздельно? (Опыт словаря-справочника)» Б. З. Букчиной и Л. П. Калакуцкой (М., 1982), где, как говорится в аннотации, «авторы предлагают свое решение некоторых вопросов написания сложных существительных и прилагательных». 

В глаголе отворить, исторически связанном со словом ворота, произошло переразложение первоначальной основы. Сопоставление слов современного русского языка отворить, затворить, притворить позволяет выделять в них корень -твор-, омонимичный корню -твор- в словах творить, творчество, творец. М. Фасмер в «Этимологическом словаре русского языка» пишет об истории слов отворить и затворить так: «Первоначально *ot-voriti было позднее воспринято как *o-tvoriti, откуда новообразование *za-tvoriti».

Обособление нужно. В этих случаях приложение с союзом как осложнено причинным значением. См. об этом параграф 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Запятая нужна: определения торжествующие и радостные характеризуют предмет с одной стороны, в данном случае со стороны эмоциональной окраски, а значит, однородны (см. об этом пункт 1 параграфа 37 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Слово торжествующие здесь приобретает значение прилагательного, зафиксированное в толковом словаре (см. значение 2). 

Тире нужно. О пунктуации в таких предложениях идёт речь в параграфе 17 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Слово соседи образует конструкцию под названием именительный темы. Согласно параграфам 23 и 24 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), эта конструкция может сопровождаться разными знаками препинания в зависимости от того, насколько тесно она связана с основным предложением, и других факторов. В Вашем случае уместно тире: Соседи – они от Бога.

Не растирая — одиночное деепричастие. В приведенном предложении оно требует обособления, так как обозначает второе действие (=промокните, но не растирайте) и, кроме того, оторвано от глагола. Об этих факторах обособления см. «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), параграф 72.