В этом предложении возможна двоякая пунктуация. Слова таким образом могут употребляться как вводные в значении 'следовательно' и обособляться, а могут быть членами предложения (то же, что 'таким способом') и не выделяться запятыми. Решение принимает автор текста.

Если сочетание ковид-центр используется как родовое наименование (ср. со словами больница, поликлинка), то правильно написание со строчной буквы. Однако специализированному медицинскому центру могут дать официальное название Ковид-центр. Название такого учреждения нужно будет писать с заглавной буквы.

Если это название организации, то с прописной буквы должно быть написано только первое слово. К сожалению, часто названия регистрируют в форме, не соответствующей правилам орфографии. В этом случае в официальных документах приходится сохранять закрепленное де-юре написание.

Слова одеколон  и духи «гендерных» различий не имеют. Одеколон – спирто-водный раствор ароматических веществ, употребляемый как парфюмерное средство. Духи – ароматический спиртовой раствор, употребляемый как парфюмерное средство. И одеколон, и духи могут быть как женскими, так и мужскими.

Форма мужского рода глагола может быть предпочтительна в строгих формах делового и научного стиля, например в отзыве на научную работу: Автор доказал... В беллетристике, газетно-публицистической и тем более устной разговорной речи корректно употребление женского рода глагола.

Воспользоваться формой множественного числа в этом случае едва ли получится. Лучше всего добавить к обсуждаемому словосочетанию существительное с обобщающим значением, например вариант, форма, тип, вид, формат. Это дополнительное слово может быть употреблено в форме множественного числа.

Фраза некорректна, но эта некорректность может быть сознательной: она создает комический эффект. Ошибка в том, что сочинительным союзом соединяются логически и синтаксически неоднородные слова (с лимоном — определение к слову чай, а с наслаждением — обстоятельство образа действия).

Нужно указать выходные данные оригинального издания. Полагаем, что библиографическое описание можно дать на японском языке (если позволяют технические возможности) или перевести на русский. Эти нюансы нужно обсудить с издательством, в котором будет опубликована Ваша научная работа. 

Правильный перенос: програм-мный. Одно из основных правил переноса: разбиваются переносом удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса. Другие допустимые переносы: прог-раммный, про-граммный. Слово программа может быть перенесено такими способами: про-грамма, прог-рамма, програм-ма.