В словосочетании правительство Москвы слово правительство пишется со строчной. Такое написание зафиксировано в том числе в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации».

Слово можно склонять и не склонять, писать строчными и прописными. Вот словарная рекомендация:

загс, -а и ЗАГС, -а и неизм. (отдел ЗАГС) (сокр.: запись актов гражданского состояния)

Ошибки в «Большом толковом словаре» под ред. С. А. Кузнецова (версия 2014 года), размещенном на портале, нет. Различие в словарях, которое Вы обнаружили, свидетельствует об эволюции грамматической нормы. Еще в 1976 году в словаре «Грамматическая правильность русской речи» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской была отмечена тенденция к вытеснению родительного падежа со значением части винительным падежом: «При глаголах с общим значением «брать», «давать» (брать, взять, выпить, дать, купить, привезти, принести, съесть и под.) выбор падежной формы, в соответствии со старой нормой, определяется значением этой формы: винительный падеж обозначал полный охват объекта действием, определенное количество, родительный – распространение действия на часть объекта, неопределенное количество, например: Налей себе молока из кувшина (т. е. некоторую часть) – Выпей молоко, которое тебе оставлено. Такое разграничение конструкций существует еще и в настоящее время. Однако наряду с этим… различие между родительным и винительным падежом в описываемых конструкциях нейтрализуется, причем в современном употреблении родительный падеж в количественно-выделительном значении вытесняется винительным. Особенно активно этот процесс происходит в разговорной речи, в которой зафиксировано равное количество употреблений родительного и винительного падежа. Ср.: взять продуктов выпей воды, принеси молока, купить конопляного семени, принести хлеба, грибочков купить надо – брать укроп, дать сдачу, купить цветы, привезти сухари».

Использование слова благодарности (во множественном числе) — принятый и самый частый в современной практике вариант оформления названия раздела. Форма отражает множественность отдельных актов признательности, адресованных разным людям или организациям.

Да, многие предписания этого справочника не соответствуют орфографической норме. На наш взгляд, можно руководствоваться названием справочника (по оформлению актов) и следовать его рекомендациям при составлении официально-деловых документов, а вне канцелярского употребления писать согласно орфографическим правилам.

Наименования актов Правительства Российской Федерации пишутся со строчной буквы: 1. В соответствии с Правилами предоставления коммунальных услуг, утверждёнными постановлением Правительства Российской Федерации от 6 мая 2011 г. № 354; 2. В соответствии с постановлением Российской Федерации от 6 мая 2011 г. № 354... 

Согласно орфографическим правилам и словарной кодификации верно: Верховный суд Республики Башкортостан. Однако в «Справочнике по оформлению правовых актов в Администрации Президента Российской Федерации» зафиксировано написание Верховный Суд Республики Башкортостан. Это дает основание различать написание в официальных нормативных правовых актах и в других сферах.

Само словосочетание о проведении собрания кредиторов не указывает на время проведения собрания: это может быть и прошлое, и настоящее, и будущее. Но что имеется в виду в данном законе, мы сказать не можем, так как не обладаем квалификацией для толкования нормативных актов.