Название склоняется: в Миассе, в г. Миассе. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
В составном названии Кемеровская область — Кузбасс должны склоняться обе части, например: Кемеровской области — Кузбасса, Кемеровской областью — Кузбассом. Но в сочетании, о котором Вы спрашиваете, возникает грамматическая неловкость, потому что сочетание г. Новокузнецк Кузбасса невозможно. В таком случае лучше использовать первую часть составного названия: г. Новокузнецк Кемеровской области. Согласно Уставу Кемеровской области — Кузбасса наименования Кемеровская область – Кузбасс, Кемеровская область и Кузбасс равнозначны.
Указанная запятая нужна.
Правилу соответствует написание Студёные Ключи. Нарицательные существительные в составных географических названиях пишутся с прописной буквы, если они употреблены не в своем обычном значении.
Запятая перед или не нужна. Темные следует писать без кавычек.
Запятая не нужна, поскольку в данном случае слово соответственно не имеет значения «следовательно, значит»: Утверждённый и уточнённый планы выполнены на 102 процента и на 100 процентов соответственно.
