Сочетания гласные буквы, согласные буквы активно используются в научных и учебных текстах. Практика показывает, что попытки соблюсти все формальности и избежать обвинения в неразличении букв и звуков приводят, как правило, к появлению лингвистически верных, но тяжеловесных и плохо пригодных к употреблению (особенно в школьной практике) сочетаний типа «буквы гласных звуков», «буквы, передающие гласные звуки» и др. Поэтому терминологическая условность гласные буквы, согласные буквы широко распространена и в учебниках, и в справочниках, и в научной литературе.

Да, тире нужно. В данном случае оно выделяет именительный темы.

Нет, подобные части сложных слов не называют приставками. Это корневые элементы, по функции сближающиеся с приставками, что и отражено в термине «префиксоид».

Запятая нужна.

Запятая после в том числе не требуется.

Администрация ТОО «_» просит Вас согласовать список работников для прохождения медицинского осмотра в городской поликлинике № 2.

Постановка тире уместна. 

В словарях сочетание в том числе представлено лишь как присоединительный союз, который имеет значение «включая что-либо, кого-либо» и употребляется в предложениях типа Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В приведенном Вами предложении это сочетание имеет другое значение — «не только, но и». В таком значении сочетание в том числе сегодня активно употребляется в текстах публицистического и официально-делового стилей, и едва ли его можно назвать ошибочным, несмотря на отсутствие в словарях. 

В приведенном предложении обособление сочетания в том числе не требуется. См. также ответ на вопрос 311098.

Корректно через тире: электрохимические покрытия никель — бор — углерод; микроструктура электрохимических покрытий системы никель — бор; сплав никель — бор; композиционный материал никель — углерод; микроструктура КЭП Ni — B — углерод; система диметилформамид — хлорид никеля — морфолинборан; покрытие никель — алюминий — углерод.

См. § 20 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.