Мужская фамилия Дух склоняется (Духа, Духу и т. д.), женская – нет.

Мулла – слово мужского рода. Ошибка – из печатного издания словаря. Исправили, сообщили главному редактору словаря С. А. Кузнецову.

Помета «3. П.» означает, что слово поверка относится только к одному из омонимичных глаголов поверить, а именно данному под цифрой 3 (при описании омонимов для их различения в словаре используются условные цифры 1, 2, 3 и т. д.).

О некоторых терминах родства см. в «Непростых словах».

Конгениальный – близкий, сходный по духу, образу мыслей, таланту и т. п. (перевод конгениален оригиналу).

Да, такое написание возможно. Слово образовано точно таким же способом, как и душонка (от душа).

В корне приведенных Вами слов есть чередование, но это особый тип чередования: перед суффиксом -ова-(-ева-) появляется ударная а, хотя в других случаях пишется проверяемая о (ср.: опоздать — поздно — опаздывать, смотреть — смотр — высматривать, глотать — глотка — проглатывать). Такие корни описывают как особый случай основного правила о проверяемых безударных гласных и считают проверяемыми, но с ограничением на проверку: не проверять словами с суффиксом -ова-(-ева-). См., например, здесь. 

Уменьшительные формы имен могут образовываться разными способами, единого правила нет. Выбирайте тот вариант, который Вам по душе.

Необходимо объяснить, что словарь Даля вышел в свет в конце XIX века, словарь Ушакова – в 1935–1940, а действующие в настоящее время «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году, тогда же вышел в свет нормативный орфографический словарь русского языка, в котором было закреплено привычное нам сейчас написание многих словарных слов. Поэтому правописание слов по словарям Даля и Ушакова проверять нельзя; для этого нужны современные орфографические словари.

В корне этих слов мы наблюдаем остатки древнего чередования гласных, которое когда-то было показателем глагольного вида. Ср.: глотка – проглатывать, смотр – просматривать, поздно – опаздывать.

С точки зрения орфографии слова с подобными корнями требуют примечания к правилу о проверке безударных гласных: нельзя проверять безударные о и а в корне словами с суффиксом -ива-(-ыва-). Например, глотать проверяем словом глотка, но не проглатывать, смотреть – словом смотр, но не осматривать, опоздать – словом поздно, но не опаздывать.