Слова "при этом" не используются как вводные.

Употребление предлога за в значении о некорректно. Верно: данные о патологии; данные, указывающие на патологию.

Указанная запятая нужна, она закрывает сравнительный оборот.

Предлог от употребляется при указании времени (числа, месяца, года и т.п.), датирующего что-л. Приказ директора от шестого декабря. Письмо от пятого сентября. Указ от 1995 года.

Здесь верно: из газеты "Комсомольская правда" от такого-то числа.

За что — это союзное слово (с предлогом). В данном случае оно служит средством связи частей сложноподчиненного предложения особого типа. Вот что говорится о них в справочнике Е. И. Литневской: «В русском языке представлен еще один тип придаточных предложений, не нашедший отражения ни в одном из учебных комплексов. Это придаточные присоединительные. Их особенность заключается в том, что они не эквивалентны ни одному из членов предложения, к ним не может быть поставлен вопрос от главной части, что является причиной их выделения в отдельную группу».

Местоимение что, в том числе с предлогом за, в разных контекстах может быть вопросительным (За что его наказали?) или относительным, то есть союзным словом (Я не понял, за что его наказали — придаточное изъяснительное).

Пробел между сокращением и следующим за ним словом ставится, напр.: г. Киев.

Что касается Вашего примера – возможны варианты зав. производством (графическое сокращение от заведующий производством) и завпроизводством (сложносокращенное слово). О различии между ними см. в ответе на вопрос № 258331.

Запятая здесь обязательна, она отделяет придаточную часть предложения (с союзным словом который) от главной. Эта запятая поглощает второе тире (см. параграф 65 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина); обратите внимание, что однозначные числа в тексте лучше записывать буквами, а форма боретесь пишется через е: У вас так же пять классов — чародей, варвар, охотник на демонов, колдун и монах, за которых вы боретесь против сил зла на протяжении четырёх актов. (Заметим, что контекст не позволяет однозначно решить, в каком значении здесь употреблена единица так(же), и дать рекомендацию по ее слитному или раздельному написанию.)

Как показывает практика письма, обороты, присоединяемые предлогом «за исключением», обычно обособляются. Но окончательное решение – всё-таки за автором текста.

Запятая перед как нужна.

Это извинение за невольную, неуместную шутку.