Сочетания гласные буквы, согласные буквы активно используются в научных и учебных текстах. Практика показывает, что попытки соблюсти все формальности и избежать обвинения в неразличении букв и звуков приводят, как правило, к появлению лингвистически верных, но тяжеловесных и плохо пригодных к употреблению (особенно в школьной практике) сочетаний типа «буквы гласных звуков», «буквы, передающие гласные звуки» и др. Поэтому терминологическая условность гласные буквы, согласные буквы широко распространена и в учебниках, и в справочниках, и в научной литературе.
Вы приводите примеры склонения существительных твердой и мягкой разновидности. Окончания у них одинаковые: не забывайте, что буква Я обозначает мягкость предыдущего согласного и звук [а], буква Ю – мягкость предыдущего согласного и звук [у]. Теперь сравниваем окончания: ок[на] – мо[р'а], ок[ну] – мо[р'у]. Окончания одни и те же.
Что касается формы винительного падежа у существительных 2-го (по школьной грамматике) склнения, то здесь дело в одушевленности/неодушевленности. У одушевленных существительных винительный падеж совпадает с родительным (вижу деда, вижу коня), у неодушевленных – с именительным (вижу стол, вижу пень).
На одушевленность слова лицо в значении 'человек' указывает «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка.
Лицо ('человек') – одушевленное существительное, но правильно: если вы обнаружили подозрительное лицо. Почему? Потому что окончания винительного падежа и родительного падежа совпадают у одушевленных существительных только во множественном числе. И лишь у существительных мужского рода второго (по школьной грамматике) склонения такое совпадение наблюдается и в единственном числе. У одушевленных существительных среднего рода в единственном числе винительный падеж совпадает с именительным. Поэтому верно: если вы обнаружили подозрительных лиц, но: если вы обнаружили подозрительное лицо.
В слове яблоня перед ня стоит не согласная, а гласная, поэтому в род. п. мн. ч. его основа оканчивается на мягкую согласную.
Исторически слово багряный образовано от исчезнувшего существительного ба́гор или багр ‘багровый цвет’ (ст.-сл. и др.-рус. багъръ) — заимствованного слова неясного происхождения. В современном русском языке слово багряный характеризуется или как содержащее нечленимую основу (Тихонов А. Н. Словообразовательный словарь русского языка. Т. 1. М., 1985. С. 80), или как содержащее связанный корень багр- и суффикс -ян- (Потиха З. А. Школьный словарь строения слов русского языка. М., 1999. С. 26). В любом случае слово является непроизводным, то есть не образованным от другого слова.
Да, окончание -е – типичное окончание предложного падежа для существительных второго (по школьной грамматике) склонения. Однако у некоторых слов (их не больше 100) в предложном падеже встречается окончание -у (как правило, в обстоятельственном значении места, реже состояния или времени действия): в лесу, на мосту, на берегу, в носу и др. Это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. В изъяснительном значении предложного падежа у таких слов употребляется окончание -е, ср.: говорить об аэропорте (изъяснительное значение) – находиться в аэропорту (местное значение), вспоминать о доме – работать на дому.
В «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова 2002 года в слове последний выделяется корень последн-. Автор не выделяет корень -след-, так как между словами последний и след нет ни словообразовательных отношений (на современном этапе развития русского языка), ни прямой смысловой связи. Можно обнаружить лишь очень отделенную ассоциативную связь, глубоко историческую. Обратите внимание, в «Школьном этимологическом словаре русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой указано, что прилагательное последний, заимствованное из старославянского языка, восходит не к слову след, а к послѣдъ «потом, впоследствии» и последний буквально означает «следующий потом, после (чего-л. или кого-л.)».
Толковый словарь под редакцией Д. Н. Ушакова, в котором фиксируются варианты написания слов, создавался в конце 20-х — начале 30-х годов ХХ века, когда письмо еще не было достаточно упорядочено. Авторы словаря отразили орфографическую неустойчивость своего времени. Уже в школьном орфографическом словаре примерно на 10 тысяч слов, первое издание которого вышло в 1934 году, Д. Н. Ушаков для каждого слова с неустойчивой письменной формой выбирает какое-то одно, наиболее перспективное написание. В 1956 году проводится унификация орфографии на словнике около 100 тысяч слов, выходит первое издание академического орфографического словаря. Современная норма безвариантна — пацифизм.
1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; вёдро в отличие от ведро; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное).
2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова. например: река Олёкма.
3. В cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения.
По желанию автора (редактора) любой текст может быть набран с последовательным употреблением буквы Ё.
Ваш ребенок ближе к истине. Буква я в безударной позиции обозначает гласный звук близкий к [и]. Если буква я стоит после согласной буквы, то она еще указывает на мягкость согласного звука (рябина [р'и], маляры [л'и]). В остальных случаях я, кроме гласного, обозначает согласный звук, который в школьной транскрипции чаще обозначают буквой й. Только в позиции под ударением буква я обозначает гласный [а]. Ср.: рябина и рябь, маляры и маляр, язык и якорь, объяснит и объятый. Таковы законы литературного языка. В диалектах звук [а] может оказаться в безударном положении.