Ряд однородных деепричастных оборотов нужно выделить запятыми. Д. Э. Розенталь давал такую рекомендацию: деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится. 

Заглавная и прописная буква – это одно и то же (большая буква). Маленькая буква называется строчная.

В качестве первых частей сложных слов такие компоненты пишутся строчными: оже-электрон, лоренц-фактор, лоренц-инвариантность, фурье-спектрометрия. Но: эффект Оже, преобразования Лоренца, сила Лоренца, преобразование Фурье, ряд Фурье и т. п.

Названия станций метрополитена нужно писать по правилам: «Октябрьское Поле», «Кузнецкий Мост», «Охотный Ряд» и т. д. Кстати, на официальной схеме линий Московского метрополитена, разработанной Студией Артемия Лебедева по заказу Департамента транспорта Москвы, все названия станций написаны правильно (в соответствии с орфографическими нормами).

Поскольку заданный Вами вопрос весьма объёмен, рекомендуем Вам обратиться к специальным источникам, например к монографии И. В. Нечаевой "Актуальные проблемы орфографии иноязычных заимствований" (М., Издательский центр «Азбуковник», 2011). Ее можно найти на сайте ИРЯ им. В. В. Виноградова РАН. 

Синтаксическими синонимами могут быть разные типы словоформ в одинаковой синтаксической функции (по ягоды – за ягодами), разные синтаксические модели предложения (Я прочел книгу – Книга прочитана мной), а также предложения, составляющие вариативный ряд по отношению к основной модели (Мы решили – Мы приняли решение и т. д.).

Недостает запятой перед и чем. Обратите внимание: в предложении есть стилистическая погрешность. Неудачно сочетание защищать себя и кожу. Слова, называющие целое и его часть, – логически неоднородные компоненты. Они не могут образовывать ряд однородных членов. Вероятно, конструкцию индекс, значение которого 3-7 можно сократить до индекс 3-7.

Сочетание успешно отразил корректно, оно зафиксировано в словарях и давно используется в художественной литературе, ср.: Битва продолжалась после занятия неприятелем люнета (батареи Раевского) еще несколько часов как на левом фланге, где командовавший генерал Дохтуров успешно отразил ряд новых и новых атак... (Е. Тарле. Бородино. 1952).

Сочетание свои желания и свои инстинкты вполне можно считать уточнением, в котором выделяются разные уровни внутреннего мира человека. Чтобы в предложении не создавался перечислительный ряд себя, свои желания и свои инстинкты, уточняющую конструкцию целесообразно отделить тире: ...поможет понять себя — свои желания и свои инстинкты.