Слово путем фиксируется в словарях и грамматиках как производный отымённый предлог, а слово методом — нет. Это связано с тем, что форма существительного путем в конструкциях с последующим род. падежом в большинстве контекстов:

1)  утратила лексическое значение, свойственное существительному путь и используется для выражения значения абстрактного отношения между главным словом и зависимой формой родительного падежа: подтвердить (главное слово) путем референдума (зависимое слово); сформировать (главное слово) путем выборки (зависимое слово) и т. п.

2) при выражении абстрактного значения отношения теряет морфологические признаки существительного (не может изменяться по числам и падежам);

3) не является самостоятельным членом предложения, входит в предложно-падежную конструкцию вместе с последующей формой род. падежа.

Например:

Модель может быть расширена путем добавления новых элементов.

Модель может быть расширена путем добавления новых элементов и замены деталей корпуса.

Словоформа методом сохраняет значение существительного метод и способность к словоизменению, является самостоятельным членом предложения, а по отношению к последующему род. падежу выступает в качестве главного слова в словосочетании.

Состав наносплава определяли методом просвечивающей микроскопии.

Состав наносплава определяли методами просвечивающей и сканирующей микроскопии.

Для сравнения приведем контекст, в котором словоформа путем остается существительным (не является предлогом), так как сохраняет значение существительного путь и выполняет функцию члена предложения:

У нас появилась уникальная возможность попасть на озеро Байкал путем первооткрывателей.

1. Для постановки запятой между частицей вот и местоимением что нет оснований: Вот что я узнал; Вот что мне сказали и т. п. 2. Верно с запятой: Человек спросил, кто мы такие.

Нужно убрать запятую перед союзом и, соединяющим однородные придаточные части: Человек, осознающий вину за совершенный им бесчестный поступок, обязательно будет испытывать мучительные угрызения совести, терзаться мыслями о том, что он сделал и как это повлияло на судьбы других людей.

Наречие запоем 'не отрываясь, увлечённо' не имеет других форм, поэтому в нейтральном употреблении такая конструкция невозможна. Но как языковая игра, как шутка, как экспрессия — почему бы и нет?

Ваш вариант оформления фрагмента представляется уместным.

Склонение мужской фамилии Топал обязательно. Правильно: тетрадь Топала Петра.

Сочетание успешно отразил корректно, оно зафиксировано в словарях и давно используется в художественной литературе, ср.: Битва продолжалась после занятия неприятелем люнета (батареи Раевского) еще несколько часов как на левом фланге, где командовавший генерал Дохтуров успешно отразил ряд новых и новых атак... (Е. Тарле. Бородино. 1952).

Да, это корректное оформление. В данном случае авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, см. примечание 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

В параграфе 45.8 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в подобных предложениях слова знаешь (знаете) и видишь (видите) употребляются «близко к частице». Сравним приводимые там примеры: А нам за это знаешь что будет?; Там знаешь какое положение?; А бабка Варвара видишь что делает? и т. п. Грамматическая основа в предложении указана Вами верно (подлежащее — обычай, сказуемое — какой).

Если слово клон используется для обозначения живого существа, то очевидно, что предполагается и соответствующее склонение: создал клона.