В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Между подлежащим бордовый [цвет] и сказуемым мой любимый цвет нужно поставить тире (сравним предложение в прошедшем времени: Моим любимым цветом был бордовый).

Можно воспользоваться «Словарем собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко (М., 2010) или его электронной версией на нашем портале: красным цветом выделено ударение.

Не вполне понятно, что Вас смущает: Дуб — дерево. Роза — цветок. Олень — животное. Воробей — птица. Россия — наше отечество. С — скорость.

По структуре это либо сложноподчиненное предложение (тогда перед например ставится запятая, как Вы и указали), либо предложение, имеющее вставную конструкцию.

Вставные конструкции могут располагаться не только в середине, но и в конце предложения и выделяются с помощью тире или скобок. Здесь вставная конструкция представляет собой целое предложение и отделяется тире.

Фамилия Якуша склоняется, правильно: у Натальи Якуши. При слове семья корректно употреблять эту фамилию в форме единственного числа: семья Якуша.

Подобные слова-кентавры могут служить одним из средств графической выразительности. Для усиления воздействия на читателя можно использовать выделение части слова цветом, полужирным шрифтом, курсивом и т. п. Например: ultraновый, ultraновый, ultraновый. 

Поскольку местоимение который заменяет собой неодушевленное  существительное цветок, верно: ...о трёх цветках, которые он увидел на склонах Урала. Но (с одушевленным существительным): ...о трёх птицах, которых он увидел на склонах Урала.