Современной орфографической норме соответствует написание через дефис: естественно-исторический. Слитное написание можно встретить в старых словарях и их современных переизданиях, игнорирующих развитие орфографической науки за последние десятилетия.

Синергетика - направление в науке, занимающееся изучением связей между элементами (подсистемами) структуры в сложных открытых (обменивающихся веществом и энергией с внешним миром) системах, механизмов самоорганизации в них.

В школе это предложение разберут так. Подлежащее выражено количественно-именным сочетанием человек двадцать
 провожавших. Сказуемое – было. На вокзале – обстоятельство.

В науке есть и другие подходы к анализу такого предложения. 

«Древнее образование Ра» – не приставка и не корень, а плод фантазии людей, не имеющих никакого отношения к науке о языке и плохо знающих его историю. Подробнее см. здесь.

Термин - это слово или сочетание слов, являющееся точным обозначением определенного понятия какой-либо специальной области науки, техники, искусства, общественной жизни. Приведенные слова не специальные, а общеупотребительные, поэтому называть их терминами не вполне верно.

Написание объясняется историей слова. Юриспруденция пришло к нам из немецкого языка, в котором Jurisprudenz восходит к латинским корням jus (juris) 'право, закон' и prudentia 'знание, наука'. Букве т в этом слове неоткуда было взяться.

Существительное транскрипция – заимствование, восходит (через немецкое или французское посредство) к латинскому transcriptio 'переписывание'. Энциклопедический – от существительного энциклопедия, восходящего (опять же через немецкий или французский язык) к греч. enkyklos paideia 'обучение по всему циклу наук'.

Корректно со строчной буквы без кавычек: минские договоренности.

Запятая не нужна. Запятая не ставится между однородными придаточными предложениями, которые соединены неповторяющимся союзом и.

С суконным рылом да в калачный ряд говорят о человеке, пытающемся занять незаслуженно высокое положение, проникнуть в более высокое общество.