Даже в отсутствие словарной фиксации можно однозначно утверждать, что написание раменъя недопустимо. По правилам русской орфографии разделительный ъ пишется после согласных перед буквами я, ю, ё, е только в 3 случаях: 1) после приставок, оканчивающихся на согласный (объехать); 2) в сложных словах после начальных частей двух, трёх, четырёх и в словах панъевропейский, фельдъегерь; 3) при передаче иноязычных собственных имен и производных от них слов (Кизилъюрт). Во всех остальных случаях в разделительной функции используется ь. Понятно желание авторов статьи подчеркнуть твердость согласного н, но в разделительной функции ь не указывает на мягкость предшествующего согласного и может использоваться в том числе после твердых согласных (ср. шью).

Вопрос связан с критериями разграничения сложных слов типа диван-кровать (одно слово) и приложений, пишущихся через дефис, типа врач-педиатр (слово и его определение — два слова).

Приложение — это определение, выраженное именем существительным, указывающее на различные свойства и качества того слова, которое оно характеризует. Определяемое слово и приложение — это разные обозначения одного предмета, поэтому приложение можно убрать из предложения без значительной потери смысла. Ср.: Пришел врач-педиатр. Пришел врач-педиатр.

Со сложным словом так поступить нельзя, так как два компонента. выраженные существительными, имеют единое значение, например: генерал-майор, купля-продажа, киловатт-час, плащ-палатка и т. п. Ни один из компонентов сложного слова нельзя сократить без разрушения значения. К сложным словам с единым значением относится и человек-амфибия.

Если поискать, такие слова найдутся) Например, буквосочетание гя может встретиться в именах собственных (Плунгян — фамилия ученого, академика РАН, главного научного сотрудника Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН). Буквосочетание гя встречается в формах деепричастий глаголов на -жечь (*зажгя, *разожгя), ненормативных, но используемых, например, в художественных текстах — в стилистических целях, для передачи особенностей речи персонажей и др.: И далее вижу я — боярский сын, и ремесленник, и крестьянин берут кистень и, зажгя дворы свои, уходят в леса свирепства своего ради (А. Н. Толстой, Петр Первый); Пробовали даже выкуривать обитателей норы, разожгя костер (В. Солоухин, Капля росы). Наконец, всегда есть возможность образования окказиональных слов, содержащих данное буквосочетание.

Обратите внимание на то, что в речи специалистов термин лекарственное средство употребляется в качестве обобщенного наименования типа лекарственной продукции, а,  соответственно, конкретные лекарственные препараты рядом с этим термином обычно не упоминаются. Чаще всего в современной письменной и устной речи используются обороты, в которых названиям лекарственных препаратов предшествуют родовые обозначения, например наименования лекарственных форм (таблетки, свечи, капли, настойка, порошок и т. д.). В этом случае названия лекарственных препаратов не склоняются или склоняются в зависимости от грамматических особенностей конкретных высказываний. В разговорной речи названия лекарств могут употребляться без родовых слов, в полном «одиночестве», что предопределяет их склонение: принять ношпу, обойтись без пенталгина, нет бифидумбактерина, с парацетомолом.

В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано следующее. 

Слова на -мый (причастия и отглагольные прилагательные) пишутся раздельно, если они употребляются без не и при этом имеют:

а) в качестве пояснительных слов местоимения и наречия, начинающиеся с ни;

б) усиливающие отрицание сочетания далеко не, вовсе не, отнюдь не и др.;

в) усиливающий отрицание повторяющийся союз ни... ни;

г) зависящие от них существительные в творительном падеже со значением действующего лица или орудия действия.

Во всех остальных случаях они пишутся слитно. 

В примере невидимые за листьями нет ни одного из условий для раздельного написания, поэтому нужно писать слитно.

Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

Род аббревиатур и несклоняемых сложносокращённых слов определяется по опорному слову в полном наименовании. Поскольку в данном случае определить это полное наименование (то есть «расшифровать» сокращение) затруднительно, род слова определяется или по его внешней форме, или в соответствии с родом более общего по значению слова. В первом случае слово Краснодартеплоэнерго будет выступать как слово среднего рода (оканчивается на -о). Во втором случае определяющим может быть женский род слова компания. Тем самым слово может испытывать колебания в родовой отнесенности. Ср. примеры из Национального корпуса русского языка: Таким образом, Краснодартеплоэнерго недополучило почти 62 миллиона…; «Краснодартеплоэнерго» известна тем, что среди ее совладельцев значится…

В параграфе 1191 первого тома «Русской грамматики» 1980 г. отмечается, что сложные существительные с первым компонентом пол-, типа полчаса, полведра, полдюжины, имеют ряд грамматических особенностей, которые связаны с сосуществованием в этих словах признаков слова и словосочетания с количественными числительными типа два часа, три ведра, две дюжины. Признаки таких словосочетаний как раз и обнаруживаются в согласовании слов на пол- с прилагательными, указательными местоимениями и причастиями: томительные полчаса, эти полкилометра; полчашки, оставшиеся после обеда. Сравним: томительные два часа, эти два часа; два часа, оставшиеся до обеда.

Обратите внимание, что сочетания с пол- форм родительного падежа существительных, начинающихся с согласной буквы, кроме л, пишутся слитно.

Этот вопрос носит, на наш взгляд, несколько отвлеченный характер. В тех сферах общения, где ценится соблюдение норм, это слово лучше вообще не употреблять. Написания типа ХЗ, хз характерны для аббревиатур. Но аббревиатуры — это имена существительные, поэтому такое написание не подходит. Написания типа х. з. или х/з используются в графических сокращениях. Графические сокращения не представляют собой самостоятельных словесных единиц, это условный способ передачи полностью произносимых сочетаний. Поэтому и этот способ написания не годится. Приемлемым можно считать написание хэзэ. Такие написания строятся из названий букв и используются в том числе для передачи единиц, которые, будучи изначально графическими сокращениями, приобрели в ходе общения статус самостоятельных слов (хэбэ, мэнээс).

В зависимости от типа анализа структуры слова членение может быть разным.

При собственно морфемном анализе (разбор слова по составу в школьной терминологии) в слове подозрение выделяется приставка подо-, см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой и «Школьный словарь строения слов русского языка» З. И. Потихи.

Словарь А. Н. Тихонова является словообразовательным. При синхроническом словообразовательном анализе учитываются живые семантические связи в современном языке. Этимологически слово подозрение связано с исчезнувшим глаголом подозреть, который был образован от глагола зреть с помощью приставки подо-. В современном языке живые семантические связи между словом подозрение и глаголом зреть отсутствуют, поэтому при синхроническом словообразовательном анализе приставка подо- не выделяется.