Вы правы, возможны оба написания, но они будут иметь разный смысл.

В предложении И так всё было понятно сочетание и так — частица, ее значение хорошо описано в «Большом универсальном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина.

В предложении Итак, всё было понятно слово итак — союз, который сближается по значению с вводными словами следовательно, таким образом и отделяется запятой от последующей части предложения. В орфографических источниках слово итак часто называют вводным, см., например, параграф 91 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Приложение мастер экспериментов, находящееся перед именем собственным Дмитрий Хогварц, не обособляется (пункт 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Правда, если автор логически выделит сочетание мастер экспериментов, а имя собственное сочтет попутным замечанием, то уже это имя собственное станет поясняющим обособленным приложением при сочетании мастер экспериментов (см. примечание к пункту 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Соответственно, основным является вариант без обособления, а вариант с обособлением допустим, если автор хочет особенным образом расставить акценты в высказывании.

Написание шпекачка зафиксировано в «Русском орфографическом словаре» РАН под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой (4-е изд., М., 2012), словаре М. В. Зарвы «Русское словесное ударение» и др. источниках. Впрочем, есть и словарная фиксация шпикачка. Этот вариант предлагает «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, автор объясняет выбор такого написания именно тем, что слово восходит к шпик, шпиг (шпикачка – мясное изделие, напоминающее сардельку, но с вкраплениями кусочков шпика в фарше).

Поскольку в словарях разнобой и единого мнения у лингвистов нет, уберем эту орфограмму из диктанта.

Дисциплина – это отрасль научного знания, учебный предмет. Вряд ли можно говорить о сдаче нормативов по русскому языку, по физике или математике. Поэтому предложенное Вами сочетание с любым предлогом неудачно. Если речь идет о видах спорта, то правильно: сдать нормативы по бегу, плаванию и т. п.

В словарях такое значение не отмечено. Понятно, что оно вытекает из основного: если что-то раздражает, то и не нравится (вряд ли может раздражать то, что нравится). Но при этом компонент значения 'раздражать, приводить в нервное состояние' обязателен, нельзя утверждать, что нервирует – это просто 'не нравится'.

Подобные фразеологизированные конструкции (ср. также: взять в жены, набиваться в друзья, пойти в няньки) обозначают вхождение кого-либо в определенный круг лиц – отсюда и множественное число.

Но гораздо интереснее трансформация, происходящая не с категорией числа, а с категорией одушевленности/неодушевленности. Обратите внимание: слова, называющие лиц, ведут себя как неодушевленные существительные: винительный падеж совпадает с именительным, хотя в других контекстах он, как и полагается, совпадает с родительным: вижу президентов, жен, друзей. Академическая «Русская грамматика» (М., 1980) называет подобные формы «единственным отступлением от последовательного выражения одушевленности во мн. ч.». Синтаксисты так объясняют этот феномен: собирательность в этих формах подавляет одушевленность.

Указанная запятая нужна.

Если имеется в виду Комиссия подтверждает, что ввод в эксплуатацию выполнен, то Ваш вариант неверен, его следует перестроить.

Запятая не нужна.

Пожалуйста, задайте вопрос по русскому языку.