Корректно: Федерация боевого единоборства города Санкт-Петербурга.
Правильно: администрация города Москвы. Подробно см.здесь.
Части предложения нужно разделить запятой: Ни в городе Богдан, ни в селе Селифан.
Название при словах городской округ обычно не склоняется: городского округа город Михайловка. Закрепившееся несклонение можно объяснить тем, что подобные сочетания с обозначением типа муниципального образования характерны исключительно для официальных документов, для канцелярско-бюрократического языка (невозможно представить себе в живой речи что-то типа Живу в городском округе город Михайловка). А в канцелярских текстах несклонение топонимов в функции приложения очень распространено.
Это связано со сложившейся практикой письма.
Корректно: игры жанра «три в ряд».
Корректно: СПб.
Вы написали это название правильно.