Вы правы, хотя — это союз, а после союза запятая не ставится.

В этом предложении отношения между деепричастием думая и сказуемым победил противительно-уступительные («победил, хотя/но думал, что...»), деепричастие не характеризует действие, выраженное сказуемым, а обозначает отдельную ситуацию. Соответственно, запятая перед ним нужна.

Слово падь нужно писать со строчной буквы, если оно используется в соответствии со своим прямым географическим значением и называет межгорное понижение, ущелье, глубокий овраг, долину. В этом случае слово падь обычно не входит в название, а только сопровождает его. Так, в Иркутской области Государственным каталогом географических названий зарегистрирована Еловая падь.

Однако возможно и другое написание. Слово падь становится частью названия и пишется с заглавной буквы, если названный объект определяется не как падь, а иначе. В Сибири и на Дальнем Востоке много урочищ, название которых состоит из прилагательного и слова Падь, например урочище Васина Падь (Бурятия). Более очевидные случаи — названия рек, ручьев, гор, озер, например: река Гладкая Падь, гора Крутая Падь (Бурятия), река Березовая Падь, ручей Долгая Падь (Иркутская обл.). 

Подробнее проблема написания географических терминов, которые могут входить в состав географического названия, описана в правиле употребления прописных и строчных букв, разработанном в рамках подготовки полного академического описания русской орфографии (см. § 1, примечание 3).  

Сочетание и в частности является единым целым и открывает присоединительную конструкцию: Историк написал три уникальные по информативности книги по истории Ямальского Севера, и в частности по строительству железной дороги Чум – Салехард – Игарка.

Верно: Няня уверена, что крещёная вода целебная, и мы тоже знали, что чем раньше почерпнуть освящённой воды, тем она святее.

В данном случае уместно тире, т. к. этот случай можно рассматривать как эллиптическое предложение (сложное предложение с пропущенными членами): Один только казак вырвался дорогою из татарских рук – (это был) Максим Голодуха.

Верно написание с мягким знаком.