Да, можно. Предлог по в одном из своих многочисленных значений (см. значение 6 в «Большом толковом словаре») синонимичен предлогу согласно.
Здесь корректно с прописной (Бог), т. к. имеется в виду единое верховное существо в монотеистических религиях.
Знак не требуется.
Слово отдел пишется с большой буквы как первое слово официального названия учреждения, например: Отдел внешних церковных связей Московского патриархата. Если речь идет об отделе какого-либо учреждения, это слово пишется с маленькой буквы: отдел кадров, отдел труда и заработной платы, отдел рукописей Государственного исторического музея.
Можно так: ...писали по-разному не только фамилию, но и имя.
Тире обычно не ставится, если подлежащее выражено личным местоимением, а сказуемое – формой именительного падежа существительного. Но при логическом подчеркивании тире можно поставить.
Правильно здесь: ни выбрали.
Да, тире избыточно (во всех трех случаях).
Двоеточие не требуется.
Подлинные выражения, вставленные в текст в качестве элементов предложения, выделяются кавычками, но перед ними двоеточие не ставится.
