Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.

В справочнике приведен только пример, в котором за указательным местоимением не следует зависимой от него придаточной части (да она и не может следовать в таких случаях): Это кабинет? Это спальня? (Ч.). Наблюдения над практикой письма показывают, что в случаях, подобных приведенному Вами, тире обычно ставится, однако ни на какой справочник здесь сослаться невозможно. При оценивании проверочных работ такие случаи целесообразно выводить из подсчета ошибок.

Логичным будет поставить точку после фрагмента кода: Откройте этот файл и введите следующее содержимое: def add_one(number): return number + 1. Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям. Если есть опасение, что читатель воспримет точку как элемент кода, а не знак конца предложения в тексте-инструкции, можно отвести фрагменту кода отдельную строку:

Откройте этот файл и введите следующее содержимое:
ef add_one(number): return number + 1
Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям.

И здесь нет ошибки. В оригинальном тексте «Мертвых душ»: на  земли. Форма земли (ударение, разумеется, на последнем слоге, это форма предложного падежа единственного числа) – след древней системы склонения имен существительных. В том типе, из которого образовалось современное первое (по школьной грамматике) склонение (слова на -а, -я), выделялись твердая и мягкая разновидности (жена / земля). Окончания в некоторых падежах у слов твердой и мягкой разновидности различались; в предложном падеже у слов мягкой разновидности типа земля было окончание -и.

А также — союз, а после союза запятая не ставится, если далее не следует конструкции, требующей выделения запятыми (вводного слова, обособленного оборота и т. д.). В приведенном примере сочетание в случае (,) если это установлено муниципальными нормативными правовыми актами выглядит скорее вставной конструкцией, которую в официальном документе уместно выделить скобками. При этом составной союз в случае если, находящийся в начале вставной конструкции, не расчленяется запятой (см. «Справочник по пунктуации»): ...а также (в случае если это установлено муниципальными нормативными правовыми актами) граждане РФ, достигшие на день проведения схода 18 лет.

Противоречия между этими правилами нет. В предложениях типа Он всем оказывал помощь советом, кто бы к нему ни обращался частица ни действительно входит в состав уступительного придаточного. В предложениях типа В нашей округе, пожалуй, нет никого, кто бы к нему не обращался за советом придаточное определительное. 

Основные конструкции, требующие постановки скобок, описаны в базовых правилах пунктуации. См. раздел «Скобки» в «Правилах русской орфографии и пунктуации» (1956).

В общем можно сказать, что главная функция скобок — выделение разного рода второстепенной информации.

См. Правила.

В бессоюзном сложном предложении География как наука зародилась в античные времена — геология как самостоятельная ветвь начала развиваться только во второй половине 18 века тире поставлено по правилам: оно выражает сопоставительные отношения между частями. На эти отношения указывает лексическое наполнение частей (в частности, названия наук география — геология) и их однотипное строение (сравним: как наука зародилась — как самостоятельная ветвь начала развиваться; в античные времена — во второй половине 18 века). Впрочем, запятую вместо тире в этом предложении невозможно счесть ошибкой, поскольку между частями можно усмотреть и перечислительные отношения, прочитав с интонацией перечисления.

Что касается сочетания при других в предложении При других она была весела, общительна, то в данном контексте это действительно обстоятельство, отвечающее на вопросы при каких условиях? когда? где? 

В соответствии с замыслом авторы выбирают вариант, подчеркивающий большое количество, множество людей (находились 70 человек) или указывающий на их совокупность, общность (находилось 70 человек). Второе предложение обсуждается в гипотетическом ключе (может подразумеваться). Как представляется, более предметно вести речь о «правильном» глаголе следует с инициатором дискуссии.