Пунктуация будет зависеть от смысла. Запятые нужны, если автор хочет придать обороту с союзом как значение причины: Я, как руководитель проекта, обязан = Я обязан, потому что я являюсь руководителем проекта. Ср.: Я как руководитель проекта обязан = Я в качестве руководителя проекта обязан.

Если по условиям контекста после приложения стоит запятая, второе тире опускается: Еще одному виду деградации — опустыниванию, по данным Росстата, подвержено около 90 млн га.

По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.

Предложение составлено правильно. Т. к. вторая его часть содержит прямой вопрос, перед ней ставится двоеточие, а в конце предложения – вопросительный знак: Сегодня утром я проснулся с мыслью: что же происходит на улице?

Орфографически верно: завод «Красный вымпел». В названиях организаций, предприятий, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки и в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена. Но в документах название организации должно быть написано так, как оно было зарегистрировано.

Запятая перед если поставлена правильно.

Правильно: В связи с этим вопрос о том, чем и как утеплить мансардную крышу, особенно актуален.

Запятая не нужна (если развивающая навыки – название отдельной группы, а не определение к слову логопедическая).

Запятая между главным и придаточным предложениями не ставится, если придаточная часть, благодаря союзам и, или, включается в ряд однородных членов: Человек может вечно смотреть на три вещи: огонь, воду  и как финансист отсчитывает зарплату.

Вводное слово как обычно обособляется: Сережа, как обычно, сидел в углу дивана.