Ошибки не будет. Но и не будет прямого "руководства к действию" в виде соответствующей случаю рекомендации справочника по правописанию.

Корректно: Согласно указанию начальника хозяйственно-эксплуатационного управления Центрального банка РФ служба эксплуатации энергооборудования дирекции по обслуживанию и эксплуатации комплекса зданий № 3 направляет внеплановую заявку на проведение работ хозяйственным способом.

При этом остается неясным, что означает фраза проведение работ хозяйственным способом, и существует ли в действительности  дирекция по обслуживанию и эксплуатации комплекса зданий № 3. 

Нам не удалось обнаружить никаких документов, запрещающих (не рекомендующих) постановку знаков препинания на таких материалах. 

Такие сочетания некорректны. 

Большой толковый словарь русского языка

ЭКСПЕРТИЗА, -ы; ж. Исследование каких-л. данных, фактов с целью поиска ответов на практические вопросы, решение которых требует специальных знаний в области науки, техники, искусства и т. п. Научная, судебно-медицинская э. Лингвистическая, психологическая э. Техническая э. проекта. Отправить документы на экспертизу.

Правильно: обладать экспертными знаниями. 

При употреблении такого наименования без родового слова корректно склонение: сотрудники «Аргументов и фактов», сюжет «Тараса Бульбы» и проч.

Корректно: Работодатели всё чаще требуют от выпускников не просто знания языков программирования, но и умения выстраивать проектный процесс от идеи до внедрения продукта.

Такое местоимение, дублирующее подлежащее, с логической точки зрения является избыточным, и литературная норма не разрешает такие построения. Однако на практике этот запрет действителен только в отношении письменной нормативной речи. В устной речи, особенно неподготовленной, такие построения частотны, что легко объясняется с точки зрения процесса порождения высказывания. Говорящему легче сначала обозначить предмет речи (Машина), и это происходит еще до того, как у него готов план всего высказывания в целом. Когда же план сформирован, возникает «второе местоименное» подлежащее, потому что о первом говорящий уже как бы забыл. В коммуникативно-прагматической лингвистике такие высказывания называют конструкциями с выносом топика влево (топиком является Машина). Топик не обязательно совпадает с грамматическим подлежащим, ср.: А вот от Сережки — от него я давно ничего не слышал. Конструкции с выносом топика влево частотны и в устной неподготовленной речи носителей нормы, в том числе самых высококвалифицированных. В спонтанной устной речи они допустимы.