Нет, не нужно.

После закрывающей скобки ставится запятая и тире.

Ответить на Ваш вопрос мы попросили проф. М. Я. Дымарского.

Да, они образуют словосочетание. Обособление этому не мешает: оно не разрушает грамматических связей между определяемым существительным и определением; более того, если бы этих связей не было, то и обособленных оборотов не возникало бы.

Да, может. И если это сказуемое, то запятая не нужна.

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Запятые не нужны.

Возможны варианты пунктуации в зависимости от смысла. Если причастный оборот имеет пояснительное значение (иное – то есть не указанное в данном решении), то запятая должна стоять только после слова иное. Если пояснительного значения нет, то есть сначала говорилось об одном не указанном в решении лице, а теперь о другом (ином), то никакие запятые не нужны.

Фраза построена таким образом, что причастный оборот можно понять как обстоятельство причины ("поскольку место было защищено скалами, оно было далеко"). Хотя смысл основной части предложения такое обстоятельственное значение опровергает. Это значит, что предложение "неисправно" со стилистической точки зрения, нужно его перестроить: Это место, защищенное скалами, было далеко от маяка.