Корректно: Я видел проплывающих мимо косаток. Их было несколько сотен.

Обратите внимание:

касатка, -и, р. мн. -ток (ласточка; обращение к женщине)

косатка, -и, р. мн. -ток (дельфин; рыба)

Вы написали правильно. Шарашкина контора (прост. пренебр.) – несолидное, не вызывающее доверия учреждение, предприятие, организация; сомнительное заведение. Притяжательное прилагательное шарашкина – от шарашка из диалектного шарань 'шваль, голытьба, жулье, сброд'. Шарашкина контора буквально – 'организация жуликов, обманщиков'.

Приложение – определение, выраженное именем существительным, согласующимся с определяемым словом в падеже (город-крепость, художник-пейзажист). Обособленные приложения – выделенные интонационно и пунктуационно члены предложения, выступающие в функции приложения. (Прославленный разведчик, Травкин остался тем же тихим и скромным юношей. Глашатай лесов – кукушка известила всех о событии.)

Правила таковы. Если при склонении слова гласный в суффиксе исчезает, следует писать е: замочек – замочка, барашек – барашка, горошек – горошка. Если же гласный не исчезает, пишется и: ключик – ключика, домик – домика, столик – столика. При изменении слова огуречик гласный не исчезает (огуречика, огуречику), поэтому пишем и.

С точки зрения системы современного русского языка слова «пчела» и «бык» не однокоренные. Однако исторически они восходят к одному корню и образованы от глагола  «бучать» – жужжать, мычать (по этимологическому словарю М. Фасмера). Согласно этимологическому словарю Н.М. Шанского, бык – «производное от звукоподражания той же основы, но с перегласовкой (бы – бу – бъ), что в букашка, пчела». Пчела, по тем же источникам, образована от старославянского «бъчела», восходящего к основе «бучать».