Оба варианта, с предлогом по и без него, правильные. Предлог по подчеркивает, что каждый человек должен надеть две пары бахил (Надевайте по две пары бахил каждый).

Вы привели пары слов, а не форм слов. Названные Вами суффиксы словообразующие. Обратите внимание: в слове косыночка суффикса -очк- нет. Косыночка образуется от косынка, к основе косынк- прибавляется суффикс -к-, при этом в основе происходит чередование к/ч и перед ч появляется беглая гласная о. Однако в начальной школе обычно не разграничивают суффикс -очк- и сочетание очк, появившееся на стыке морфем, так как для выбора написания различие это никакого значения не имеет, а объяснение сложных морфонологических явлений может запутать ребенка.

Четыре сказуемых в этих строках образуют пары, внутри которых смысловые связи более тесные, чем между парами. Они словно рисуют две картинки, сменяющих одна другую: первая - героиня сидит и разбирает письма, вторая - берет в руки охапку и бросает. Чтобы эти смысловые отношения и соответствующую им интонацию отразить на письме, нужна запятая между парами.  

Да, это пары родственных слов.

Слово пара используется для обозначения двух однородных или одинаковых предметов, употребляемых вместе и составляющих одно целое: пара чулок, пара ботинок. Только это значение слова пара (применительно к одежде) является общеупотребительным и стилистически нейтральным.

Однако в разговорной речи словом пара называют предмет, состоящий из двух одинаковых, соединенных вместе частей: пара брюк, пара трусов, пара штанов (также пара ножниц и др.). Везде имеется в виду один предмет, и такое употребление не должно выходить за рамки разговорной речи.

Общеупотребительный вариант: двое трусов, двое брюк, двое штанов.

Антонимами являются слова в целом, а не их формы. Глаголы в Ваших примерах — это антонимы.

Вы написали верно: Значит, тридцать четыре новые пары...

Слово амбушюр склоняется как слово завод: две пары амбушюров.

Верно: две пары носков.

При соединении составного числительного, оканчивающегося на два, три, четыре (22, 23, 34, 43 и т. д.), со словом трусы возникает синтаксическая несочетаемость. Нормативного варианта нет.

Следует строить предложения так, чтобы не использовать именительный и винительный падеж. Например, выбирать другие падежные формы (в зависимости от контекста): не более тридцати четырех трусов и т. д.

Сочетание пара трусов для обозначения одного предмета (а не двух) уместно только в разговорной речи.