Выражение «отсутствуют в наличии» некорректно, в нем есть нарушение лексической сочетаемости. Правильно: нет в наличии.
Корректно: расставить по приоритету, в порядке приоритета.
Это противоречит правилам русского языка.
Корректно как написание врио, так и полное сочетание.
Зависит от того, какого стиля речи партнеры придерживаются в переписке. В официально-деловом стиле такая формулировка недопустима. В непринужденной речи вполне уместна.
В данном случае слово также пишется слитно.
Такая ссылка выглядит неинформативной. Предлагаем вариант: оплата по договору, заключенному между...
С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей и титулов в официальных текстах. Если в деловой переписке цитируются такие тексты, прописная буква сохраняется, например: В соответствии с Указом Президента Российской Федерации... За пределами официальных текстов названия должностей пишутся со строчной буквы (в том числе в деловой переписке).
Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Оба варианта можно использовать в перечисленных Вами контекстах. Варианты равноправны.