Кавычки уместны, если нужно обратить внимание адресата текста на необычное употребление слова или если нужно употребить это разговорное слово в нейтральном контексте.

Кавычки можно не ставить в тексте для подготовленного читателя (например, в издании для владельцев собак), если нет сомнений в том, что слово будет понятно читателю и без кавычек, и если стиль текста дает возможность употреблять разговорные слова.

Допустимо.

Предложение с союзом как и (дверь открывается магнитным ключом, как и подъездная дверь) корректно с точки зрения грамматики, но не дает представляения о том, одним магнитным ключом открываются двери или разными магнитными ключами. Если одним, то предпочтительно использовать соотносительное слово и союз что и: дверь открывается тем же магнитным ключом, что и подъездная дверь. Обратите внимание, что слово впихивать в таком контексте не нуждается в кавычках.

Здесь ставится тире в функции соединения, кавычки в подобных конструкциях не нужны: наработать связь рука — мозг.

Лучше использовать шрифтовое выделение, например курсив: «Обязательно используйте букву ё, если непонятно, какое слово вы имели в виду — всё или все».

Такой вариант корректен. 

Корректно дефисное написание: по-сырому, по-мокрому. Кавычки не нужны. 

Корректно с прописной буквы: серия тостеров "Гибрид" фирмы N; линейка смартфонов "Мухомор" от российского бренда "Русич"; модель "Осьминог" — новое поколение посудомоечных машин от компании L.

Написание строчными в кавычках представляется наиболее уместным: это «леопарды», каждый «голубой леопард»...

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.