Правильно: и. о. директора.
Да, если это не высшая государственная должность, то ее следует писать с маленькой буквы: и. о. генерального директора.
Нет оснований писать "комитет" с большой буквы.
Правильно: от и. о. директора. С большой буквы пишутся только названия высших государственных должностей.
Правильно - с пробелами: и. о. генерального директора.
Это суффиксальные образования с гаплологией.
Верно написание строчными буквами: и. о. генерального директора.
Слово директор пишется строчными буквами. Прописная буква уместна только в том случае, если это слово начинает собой предложение.
Верно: ИП (индивидуальный предприниматель) Мироненко И. О.
Дополнительные знаки препинания не нужны.