В "Словаре имен собственных" Ф. Л. Агеенко: Бали, Гоа. 

Предпочтительно придерживаться этих вариантов.

Аббревиатура ФСБ женского рода. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010 (электронная версия – на нашем портале).

В общем-то логично, что в древнерусских летописях не было буквы Ё :) Да и после 19-го века эта буква употреблялась непоследовательно. Вероятно, авторы статьи правы насчет исконного произношения с Е. Более того, произношение других наименований на -озерск (Белозерск, Приозерск, Гусиноозерск, Шелтозерский район) заставляет усомниться в справедливости словарной рекомендации.

Опечатка исправлена. Спасибо за замечание!

Словари последовательно фиксируют это название с ударением на первом слоге: Рени. Такая фиксация – и в старых изданиях (например, в «Словаре географических названий СССР», изданном в 1983 году), и в современных (например, в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, вышедшем в 2010 году).

В этом словаре фамилии и псевдонимы набраны прописными буквами – для быстрого поиска нужного имени лица. Правильно: Кукрыниксы.

Правильно: Малага. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010 (электронная версия – на нашем портале).

Ударение в названиях Базель и Марсель сравнивать некорректно, т. к. эти названия пришли из разных языков: Базель – из немецкого, Марсель – из французского (в котором ударение всегда на последнем слоге). Кроме того, ударение в иноязычных географических названиях в одних случаях соответствует ударению в языке-источнике, а в других побеждает традиционный для русского языка вариант, отличающийся от оригинала (Вашингтон, а не Уошингтон). Поэтому во всех спорных случаях надо обращаться к словарю.

Правильно: улица Красный Казанец. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010 (электронная версия – на нашем портале).

Можно сослаться на адресованный в первую очередь работникам СМИ «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко (М., 2010; электронная версия – на нашем портале), в котором зафиксировано: Рейтер.

Правильно: Флорида. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010 (электронная версия – на нашем портале).

Ответить на второй вопрос сложнее. В доступных нам словарях ударений и словарях географических названий слово Выдропужск не зафиксировано. Для ответа на Ваш вопрос мы обратились за помощью к нашим коллегам из Твери – специалистам по топонимике. По их словам, в официальных источниках, как и в «Тверском топонимическом словаре», дано ударение Выдропужск. Но при этом вопрос всё же нельзя считать окончательно решенным, т. к. автор этого словаря, историк-краевед В. М. Воробьев, возводит название к нарицательному выдропуск, зафиксированному у Даля, а в словаре Даля в этом слове ударение стоит на ы. Сами же местные жители произносят название Выдропужск по-разному: кто-то с ударением на ы, кто-то – с ударением на у.