Первое слово официального названия пишется с большой буквы: Министерство образования Омской области, Минздрав Омской области. Но: областной минздрав. 

Есть орфографическое правило: слова, обозначающие участки течения рек, пишутся со строчной буквы, если не входят в состав названий. Правильно: нижний Дон, средний Дон, верхний Дон. Ср.: Нижняя Тунгуска (название реки).

Лексический состав номинации и его соответствие замыслу оцените самостоятельно, а что касается падежной формы конструкции после слова пользование, то корректен вариант договоров безвозмездного пользования закрепленными за организациями объектами собственности.

В сочетаниях с неоднословными приложениями используется тире, отбитое пробелами. См. § 154 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Ваш вопрос посвящен новой профессиональной лексике в узкоотраслевых сферах, связанных с информационными технологиями. Рекомендуем обратиться к специальной литературе для терминологических уточнений. Например, три года назад в Тюменском индустриальном университете был издан учебник «Большие данные и машинное обучение». Авторы М. А. Аханова, С. В. Овчинникова, О. М. Барбаков используют выражение дефолтные настройки и термин библиотека.

Слово сфера в отвлеченном значении 'часть общественной жизни, к-рая характеризуется каким-л. однородным типом деятельности, отношений, интересов и т. п.' в этом контексте следует употреблять в единственном числе (ср.: ...уже активно работают в области (не в областях) экономики, промышленности, АПК, здравоохранения...).

Спасибо за вопросы!

Вы указываете на одно из самых трудных и противоречивых мест в русском правописании. Сперва о кавычках. Принципиальной разницы между сочетаниями профессия "сварщик" и специальность "математика" нет, такие сочетания желательно писать единообразно. (Впрочем, все же есть одно различие: можно составить грамматически корректное согласованное сочетание профессия сварщика и нельзя составить согласованное сочетание специальность математики; это уже трудность в области грамматики, а не в области орформления текста, хотя последнее проистекает из первого).

А как единообразно - давайте исходить из складывающейся практики письма. Если приложение - изменяемое, склоняемое слово, то в случае падежного рассогласования и возникают кавычки, которые выступают именно как графический знак рассогласования. Поэтому на практике возникают такие сочетания, как по специальности "математика", по профессии "сварщик" и т. п. Сочетания же стиль + люкс, ретро, поп, ампир, барокко и другие - это сочетания с неизменяемыми приложениями, для того чтобы дополнительно отметить эту неизменяемость, кавычки не нужны.

Это полярные случаи. Названные же Вами примеры - промежуточные между двумя полюсами, поэтому в них и наблюдается оформительский разнобой.

Теперь о запятых. Корень проблемы - в том, что считать главным, а что зависимым словом в словосочетании, ведь словосочетание подразумевает подчинительную связь между своими частями, между входящими в него словами. Таким образом проблема вновь выходит из чисто пунктуационных рамок и передвигается в сферу грамматики, то есть устройства текста, его структуры, логических отношений между словами. А эти логические отношения выстраиваются автором текста, автором мысли, сообщения. И поэтому конечное решение - при выборе одного из возможных (подчеркнем: возможных, т. е. логически непротиворечивых) вариантов - за автором текста.

Варианты различаются по значению. Вариант проверка деятельности предприятия в истекшем периоде 2014 года может означать и то, что проверяют деятельность предприятия, относящуюся к данному периоду, и то, что сама проверка проводится именно в этом периоде. Вариант проверка деятельности предприятия за истекший период однозначно указывает на то, что проверяется деятельность предприятия, относящаяся к данному периоду. Поэтому для устранения двусмысленности лучше использовать именно этот вариант.