Это запятые между элементами перечислительных рядов. Они поставлены корректно не только по интонационному, но и по структурному (грамматическому, синтаксическому) принципу — основному принципу русской пунктуации.

1. Наречие заново не является обобщающим словом для сочинительного сочетания обстоятельств через наш сайт или приложение, а значит, двоеточие здесь не нужно. Возможны варианты либо без знака препинания, либо с тире, отделяющим пояснительную конструкция: Если вы не передумали с покупкой, предлагаем оформить заказ заново через наш сайт или приложение; Если вы не передумали с покупкой, предлагаем оформить заказ заново — через наш сайт или приложение.

2. Знаки препинания расставлены корректно.

3. Рекомендуем разбить предложение на два самостоятельных: Надеемся, что вам всё понравилось, но хотим знать точно. Пожалуйста, оцените, насколько вы готовы порекомендовать нас. Как вариант, можно внести редакторскую правку, например: Надеемся, что вам всё понравилось, но хотим знать точно: насколько вы готовы порекомендовать нас? Пожалуйста, оцените!

Ваше недоумение справедливо. Словечко «традиционно» (лучше было бы написать «как правило») было призвано подчеркнуть, что так происходит обычно. Конечно, некоторые пожелания могут использоваться как приветствие, но это случается крайне редко — собственно, примеры со «здоровьем» и есть самые чистые случаи.

В этом предложении отношения между деепричастием думая и сказуемым победил противительно-уступительные («победил, хотя/но думал, что...»), деепричастие не характеризует действие, выраженное сказуемым, а обозначает отдельную ситуацию. Соответственно, запятая перед ним нужна.

Корректно, разумеется, со склоняемыми формами: Я купил это в «Магните», прочитал в «Бесах» и т. п. Тенденция не означает правила.

И ТОЛЬКО, частица (в конце предложения)

То же, что «и всё», «и больше ничего». Отделяется запятой (реже тире) от предшествующей части высказывания.

Он был негоциант, откупщик – и только. Ю. Тынянов, Малолетный Витушишников. Андрей был с ней ласковым, называл кровиночкой, они на первых порах и не думали о ребятишках, просто жили друг возле друга, наслаждаясь своей близостью, и только. В. Распутин, Живи и помни.

Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: не дорогая, а дешевая ткань): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: недорогая, но качественная (= ткань недорогая, но при этом качественная). Такая конструкция не требует замены слитного написания раздельным.

ДИНАСТИЯ, -и; ж. [греч. dynasteia - господство]. 1. Ряд монархов одного рода, последовательно сменявших друг друга на троне по праву наследования. Д. Романовых в России. Д. Бурбонов во Франции. 2. Ряд представителей разных поколений рода, занимающихся из поколения в поколение каким-л. ремеслом, работающих по одной специальности. Д. сталеваров. Д. врачей. Рабочая д. Цирковая д. 

Поэтому корректно: род Толстых, семейство Толстых.