Аббревиатура ОмГУПС в официальных текстах склоняться не должна, но в неофициальной, разговорной речи склонение возможно. 

Название Дорпрофжел склоняется как сложносокращенное слово, которое оканчивается на твердую согласную и по форме совпадает с существительным мужского рода с нулевым окончанием. 

Да, всё верно. Форма местоимения всея пришла из древнерусского языка (вьсеѣ), и это форма родительного падежа женского рода. Родительный падеж среднего рода совпадает с современным: (вьсего). Таким образом, можно сказать: всея Руси, всея земли, но: всего государства.

Мягкий знак, действительно, выпадает при образований отчеств от имен, которые оканчиваются на мягкий согласный. Это норма языковая, но не юридическая. Юридических оснований для отказа в постановке мягкого знака в отчестве, насколько нам известно, нет (и приводимые Вами примеры об этом свидетельствуют).

Это форма родительного падежа. Для того чтобы в этом убедиться, можно заменить слово волк на неодушевленное существительное, например: Заяц боится смерти. Здесь слово смерть точно стоит в родительном падеже, поскольку у неодушевленных существительных эта форма не совпадает с формой винительного падежа.

Если фамилия (как женская, так и мужская) оканчивается на -а и совпадает с именем нарицательным, то она должна последовательно склоняться, хотя в практике письма часто встречается несклонение фамилий такого типа, что объясняется стремлением пишущих отличить фамилию от соответствующего имени нарицательного. 

В прилагательном причудливый (как и в слове прискорбный) закрепилось написание приставки при-. Русская приставка при- пишется во многих словах, в которых ее значение не совпадает с указанными в правиле, иногда сложно выделить соответствующий приставке компонент значения слова. Написание надо запомнить.

В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная. 

Более вероятна такая расстановка знаков:

Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.

В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.

В нормативных словарях современного русского литературного языка это слово не зафиксировано. Однако можно с уверенностью утверждать, что в именительном падеже ударение падает на последний слог (ронда́ш), поскольку это галлицизм (фр. rondache). Так как в литературе, как научной, так и художественной, встречается только форма рондашем (не *рондашом), можем предположить, что во всех косвенных падежах ударение падает на тот же слог, что и в именительном. Например: Атака в нашей дестрезе осуществляется с мечом; но защита, которая могла сопровождать ее, кажется, должна осуществляться с брокелем или рондашем... (Франсиско Лоренс де Рада. Искусство инструмента оруженосца — меча).

Неясно, как предложение может быть "перегружено" запятыми, если они стоят в соответствии с правилами. Постановка знаков препинания не всегда совпадает с интонацией. Существует три принципа пунктуации: грамматический, смысловой и интонационный. Основным считается грамматический. Он предписывает ставить знаки в предложении в соответствии с его грамматическим строением.