В подписи уместен женский род: заведующая сектором Мария Ивановна Сидорова. Мужской род – в строгой деловой речи, в официальных документах.

Запятая ставится в соответствии с традициями письменной деловой речи. Правила, регламентирующего постановку запятой после слов "С уважением", не существует.

В деловом тексте возможны оба варианта, но первый нужно оформить иначе — заключить год в скобки: Награждена тем-то (2018 г.). 

Пунктуация вариативна. Если важно подчеркнуть причинное значение оборота с как, то запятые нужны. В деловом тексте предпочтительнее без обособления.

Эти фамилии, действительно, могут склоняться – но только в непринужденной устной речи, причем с некоторым оттенком фамильярности. Вероятно, именно о таком разговорном употреблении шла речь на «Эхе». Согласно строгой литературной норме, фамилии на -ых не склоняются (ни мужские, ни женские). Как несклоняемые они отмечены, например, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка.

Приведем также цитату из работы Н. А. Еськовой «Трудности словоизменения существительных»:

«Особый тип представляют собой русские фамилии на -ых (-их), выдающие свое происхождение от формы родительного (и предложного) падежа множественного числа прилагательных: Белых, Черных, Крученых, Кудреватых, Долгих, Рыжих. По строгим нормам литературного языка такие фамилии не склоняются: лекции Черных, роман Седых, творчество Крученых и т. п.

Примечание. В непринужденной разговорной речи существует тенденция склонять такие фамилии, когда они принадлежат мужчинам, действующая тем сильнее, чем ближе общение с носителем фамилии. Так, в ныне не существующем Московском городском педагогическом институте им. Потемкина студенты сороковых-пятидесятых годов слушали лекции Черныха, сдавали экзамены и зачеты Черныху и т.п. (сказать иначе никому не приходило в голову). Если бы эта разговорная тенденция победила, фамилии на -ых, -их перестали бы отличаться от прочих фамилий на согласные».

"Скорей всего" носит разговорный характер, лучше избегать употребления этого сочетания в деловой речи. Обособлять запятыми как вводное это сочетание нужно.

Аббревиатура СЭП может склоняться в разговорной речи. В строгой деловой письменной речи – нет. Правила употребления аббревиатур можно найти в «Письмовнике». 

В деловом тексте постановка двоеточия допустима, но не обязательна: перечислительный ряд существительных не имеет обобщающего слова — существительного или местоимения.. 

Форма мужского рода употребляется в официальных текстах. В устной и письменной деловой речи используется форма женского рода. Также см. вопрос 291676.

Правильно: в лице директора Ивановой Ирины Михайловны, действующего... В письменной деловой речи принята норма согласования с названием должности – директор (безотносительно к полу).