Верен первый вариант.
Верно: трое ворот.
Пунктуация корректна. Ни раньше, ни позже — пояснительная конструкция. Уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому, пояснение — это обозначение одного и того же понятия другими словами.
В данном случае вводное сочетание самое главное, образующее единство с союзом а, отделено от последующей части предложения с помощью тире. Такая постановка знаков препинания не регламентирована справочниками, однако не противоречит принципам русской пунктуации, и ее невозможно назвать ошибочной. Обратите внимание, что первую часть союза не только... но и... нужно поместить перед первым сказуемым: Оно не только станет лучше, но и вернет свою изначальную прочность...
Форма единственного числа сказуемого указывает на общую совокупность предметов, форма множественного числа — на отдельные предметы. При подлежащем, обозначающем большое число предметов и воспринимаемом как одно целое, сказуемое обычно ставится в единственном числе. В данном случае предпочтительно: функционирует 406 банков и финансовых институтов.
Можно поставить интонационное тире.
Предпочтительно без запятых: Город знаешь где?
Из города Маратеи, в город Маратею, городу Маратее и т. д.
