Авторы, как правило, не своевольничают, а пишут в соответствии с "буквой закона", то есть по правилам. Правила правописания регламентируют обязательное употребление буквы Ё в книгах для младших школьников, в некоторых учебных изданиях (кстати, наряду с обязательной постановкой ударения в таких изданиях), а также в ряде слов с целью предупредить ошибочное прочтение слова (например, слова все и всё).

Да, это верно. Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указывает: «Недопустимы слитные написания с одной прописной буквой в середине слова». К сожалению, на практике эта норма часто нарушается, и названия некоторых организаций приходится писать так, как они закреплены в уставных документах, даже если это нарушает законы русской орфографии.

Законы русской грамматики требуют склонять мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный звук (а буква й обозначает согласный звук j). Фамилия Горай склоняется по образцу других слов второго (по школьной грамматике) склонения, ср: лай, май, каравай, Дубай и др. Сказать, например, думал о Горай вместо думал о Горае то же самое, что родился в май вместо родился в мае.

Подвергнутый - причастие прошедшего времени, которое полностью соотностится по значению со словом подвергнуть. Подверженный - прилагательное со следующими значениями:

ПОДВЕРЖЕННЫЙ, -ая, -ое; -жен, -а, -о.
1.
Постоянно подвергающийся чему-л. П. опасностям.
2.
Предрасположенный к чему-л. П. простуде. Морской болезни я не подвержен.
3. Устар.
Зависимый, подчиняющийся кому-, чему-л. П. закону. Жена подвержена мужу. < Подверженность, -и; ж. П. простуде, бронхиту.

Корректно: Наша компания осуществляет лицензированный вывоз отходов I, III, IV классов опасности. Деятельность по сбору, транспортированию, обработке, утилизации, обезвреживанию, размещению отходов I–IV классов опасности подлежит лицензированию согласно Федеральному закону № 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности". Компания "Золушка" осуществляет деятельность на основании лицензии, выданной Федеральной службой по надзору в сфере природопользования: серия 78 № 00139 от 05 февраля 2016 г. (бессрочно).

Корректно через тире с пробелами: завод — изготовитель оборудования. 

Запятая не нужна. О пунктуационном оформлении конструкций со словом виват см. в «Справочнике по пунктуации».

Это предложение содержит речевой штамп, который к тому же некорректно использован.